El ecosistema intestinal es un medio complejo y dinámico que puede verse afectado puntualmente por numerosos factores propios del individuo pero también por numerosos factores ambientales o externos (como puede ser la dieta). La necesidad de conocer de una forma rápida y reproducible cómo es la dinámica de la población bacteriana, así como su estructura está siendo posible gracias al desarrollo de técnicas moleculares aplicadas como DGGE (Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)1, TGGE (Temperatura Gradient Gel Electrophoresis)2, SSCP (Single Strand Conformation Polimorphism)3 y T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polimorphism)4. Estas técnicas moleculares aprovechan la característica de universalidad del gen que codifica para el 16S ARNr, presente en prácticamente la totalidad de las especies bacterianas. La presencia de secuencias altamente conservadas hace posible el diseño de primers o cebadores que permitan la amplificación mediante PCR del total de la población bacteriana de la muestra. Son las regiones variables (polimórficas) del gen que codifica el 16S ARNr las que se aprovechan para la diferenciación. En el T-RFLP, estas diferencias entre especies o géneros bacterianos se ponen de manifiesto tras la digestión con endonucleasas de restricción del producto de PCR marcado. Únicamente el fragmento del extremo terminal será visible por electroforesis capilar gracias al mareaje fluorescente de uno de los cebadores. El perfil que se genera (electroferograma) nos permite obtener información del número de fragmentos (riqueza), de su tamaño en pares de bases (bp) (para una posible inferencia de la especie bacteriana presente) y de su altura (lo que puede orientar sobre la importancia de un determinado grupo bacteriano dentro de una muestra), siempre sin olvidar las desviaciones inherentes propias de la PCR. Es posible también calcular la frecuencia de detección de un determinado pico (especie) respecto al total de muestras así como construir con ayuda de programas informáticos matrices de similitud o dendogramas. Empleando herramientas disponibles en la red como: TAP-tRFLP del software Ribosomal Database Project II o ISPaR del software MiCA (Microbial Community Analysis) es posible hacer una asignación teórica de la especie o género bacteriano a cada uno de los picos en base a las secuencias depositadas por otros autores. Sin embargo un mismo pico puede tener su origen en distintas especies. Disponer alternativamente de secuencias propias obtenidas tras la clonación del 16S ARN de muestras de nuestros animales nos permite hacer una asignación teórica más firme, considerando únicamente aquellas especies mayoritarias encontradas.