El punt inicial en el procés d'elaboració de la cartografia temàtica de l'Atles de la Diversitat va ser l'establiment dels continguts a representar i la definició de l'objectiu. La voluntat de representar la diversitat a escala mundial es va fer a partir de la selecció d'una sèrie de temes i la seva estructuració, que va donar lloc a una veritable teranyina que mostra les seves interrelacions. A partir d'aquí va començar un procés de selecció. D'una banda, de selecció dels especialistes que havien d'ésser els autors dels mapes. D'altra banda, primer, de selecció de la projecció cartogràfica, tant de la que s'havia d'utilitzar en bona part dels mapes, com també d'aquells que havien de ser una excepció, i per tant, necessitaven d'una projecció diferent per comunicar millor el missatge que es volia transmetre. Segon, un procés de selecció de les variables a representar en cadascun dels temes. I, finalment, una selecció de les formes de representació i del seu disseny.