La finalidad de esta comunicación es compartir la aportación principal de una tesis doctoral realizada en el Museu Agbar de les Aigües que ha permitido caracterizar el proceso de innovación del proyecto educativo de un museo, así como ofrecer un proceso orientador para innovar en su proyectoeducativo. Caracterizamos los tres ámbitos que han definido la innovación: pensar, hacer y comunicar en el enfoque educativo de un museo integrando la ciencia escolar (Izquierdo), la trasposición museográfica (Marandino), y la complejidad (Bonil). Estos aspectos han configurado el marco teórico orientador en el diseño de los instrumentos creados para recoger y analizar los datos aportados por el equipo educativo, y el profesorado; agentes considerados clave en la innovación educativa. Se trata de un análisis de caso que parte de los datos recogidos durante cuatro años (2006-2010) y analizados durante otros dos (2010-12).