Objetivo: El presente trabajo intenta establecer una correlación entre el recuento cuantitativo de Streptococcus mutans y Candida albicans en la saliva de pacientes con síndrome de Down (SD) y en pacientes deficientes mentales (DM), respecto a un grupo normal (C). Diseño del estudio: Este estudio se realizó en 166 niños (49 SD, 60 DM y 57 C). Las muestras de saliva fueron cultivadas en agar TYCSB y agar Sabouraud y posteriormente se realizaron análisis microbiológicos, pruebas de microscopía electrónica de barrido y de agregación. La valoración estadística de los resultados se realizó mediante análisis de la varianza (ANOVA) y test "T de Student" para datos no apareados. Resultados: Se encontró una correlación de 0,45 para el grupo C, 0,55 en los pacientes SD y 0,37 en los pacientes MD, en la comparación entre el recuento de S. mutans y C. albicans, que se confirmó con experimentos in vitro de S. mutans y C. albicans realizados mediante filtros de nitrocelulosa. Conclusiones: Este tipo de asociación entre bacterias y hongos contribuye a justificar que exista un sinergismo patogénico entre diversos microorganismos, con las consiguientes repercusiones infecciosas, que pueden manifestarse tanto de forma local como sistémica, dependiendo del estado inmunitario del paciente afecto.