Reconstruction of phylogenetic trees using quartet methods

Abstract

Els arbres filogenètics ajuden a modelitzar l'evolució de les espècies. En aquests arbres, les fulles representen les espècies actuals, l'arrel representa l'ancestre comú a totes aquestes espècies i cada branca un procés d'especiació. Per a poder inferir les relacions filogenètiques d'un conjunt d'espècies actuals, podem aspirar a conèixer el genoma d'aquestes espècies, tot i que no disposem d'informació del genoma dels ancestres d'aquestes espècies. Existeix un bon nombre de mètodes de reconstrucció filogenètica. En aquest treball, hem implementat i hem analitzat els resultats de 12 mètodes de reconstrucció per quartets. En aquests mètodes, donat un conjunt d'espècies actuals, s'infereixen les relacions filogenètiqes entre tots els subconjunts de 4 espècies dins del conjunt original, i a continuació es combina tota aquesta informació per a construir l'arbre filogenètic resultant. . Tècniques algebraiques desenvolupades recentment permeten usar el rang de certes matrius per a reconstruir l'arbre filogenètic d'un conjunt d'espècies. En aquest projecte s'usaran aquestes tècniques dins de mètodes de reconstrucció filogenètica basats en quartets. S'implementaran diferents mètodes de quartets i es faran tests per avaluar l'eficàcia dels mètodes