Els macròfags tenen un paper clau en la inflamació. Durant l'inici del procés inflamatori aquestes cèl·lules s'activen i mostren una potent funció fagocítica i microbicida que pot tenir efectes destructius en els teixits on actua. L'activació dels macròfags implica la inducció de més de quatre-cents gens, i dóna com a resultat més capacitat per eliminar els bacteris i per regular moltes altres cèl·lules a través de l'alliberament de citocines i quimiocines. L'activació excessiva d'aquestes cèl·lules té efectes perjudicials, com ara el xoc sèptic, que pot conduir a la síndrome de disfunció orgànica múltiple i a la mort. En altres situacions la persistència dels resultats de l'activitat proinflamatòria pot contribuir al desenvolupament de processos d'inflamació crònica, com l'artritis reumatoide, la psoriasi i la malaltia inflamatòria de l'intestí. Per evitar aquests efectes indesitjables els macròfags han desenvolupat diversos mecanismes per regular l'excés d'activació, de manera que es condueix a la desactivació dels macròfags i a la resolució de la inflamació.