Aquest article presenta les principals conclusions d'una tesi doctoral sobre la participació en la governança urbana d'una mostra d'entitats promogudes per la societat civil orientades al tractament de les dinàmiques d'exclusió social en dues ciutats diferents: Barcelona i Bilbao. S'ha plantejat la comparació de com s'organitza la societat civil a ambdues ciutats en cinc àrees d'innovació diferents (foment de la inserció sociolaboral, foment de l'economia solidària, defensa dels drets de ciutadania per a persones immigrades, dinamització sociocultural i defensa del dret a l'habitatge). Mentre que en un context la governança multinivell tendeix a promoure la innovació social de manera paralel·la a la provisió de serveis i recursos de benestar (Bilbao), en l'altre aquesta promoció es fa en unes condicions de finançament més minses per a les polítiques de benestar que condueixen a un èmfasi major en les dinàmiques de concertació entre la societat civil i les administracions (Barcelona). Aquestes diferències es poden relacionar amb diferents cultures polítiques i mecanismes d'institucionalització de les dinàmiques d'innovació social per part de l'associacionisme socialment transformador. Les conclusions desemmascaren l'ús apolític de la noció d'innovació social, observant els mecanismes a partir dels quals es pot mesurar l'impacte i la participació associativa en la governança multi-nivell per la millora dels drets de ciutadania i la transformació de les relacions de poder generadores de dinàmiques d'exclusió.