Introducción: el patrón de ácidos grasos (AG) de las emulsiones lipídicas (EL) utilizadas en nutrición parenteral (NP) condiciona diferentes respuestas fisiológicas. Objetivos: estudiar si los criterios clínicos de prescripción de EL en NP establecidos en nuestro protocolo abierto y basados en recomendaciones se correlacionan con marcadores bioquímicos y hematológicos iniciales. Métodos: estudio observacional retrospectivo de cuatro años. Se recogieron variables demográficas, clínicas, nutricionales y analíticas al inicio de la NP. Se realizó un análisis uni y multivariante para estudiar la asociación entre los valores iniciales de los parámetros bioquímicos y hematológicos (PBHE) y el tipo de emulsión lipídica empleada. Resultados: de los 1.558 pacientes, 460 pacientes (29,5%) tenían PBHE al inicio de la NP y utilizaron mayoritariamente las combinaciones soja (AS) + triglicéridos de cadena media (MCT) + oliva (AO) + pescado (AP) (37,4%) y AS+MCT+AO (35,6%). Se encontraron diferencias estadísticamente signifiativas en el patrón EL utilizado entre los pacientes con y sin PBHE: patrón de AG con AP 44,8% vs.39,5%, respectivamente. Las situaciones clínicas con proteína C-reactiva (PCR) elevada se asociaron con mayor uso de EL con AP: AS+AO+AP (OR: 4,52 [IC 95%: 1,43-13,91] y AS+MCT+AO+AP (OR: 3,34 [IC 95%: 2,10-5,33]). En situaciones clínicas complejas asociadas con paciente crítico se utilizó EL con MCT: afectación hepática (AS+MCT OR: 2,42 [IC 95%: 1,03-5,68]) y afectación renal (AS+MCT+AP OR: 3,34 [IC 95%: 1,12-9,99]). Conclusiones: la inclusión protocolizada de PBHE al inicio de la NP permite complementar criterios clínicos y metabólicos en la elección de la EL.