Diferentes sistemas de genotipado para diferentes aplicaciones en la mejora genética del melocotonero

Abstract

La mejora genética clásica en melocotonero es una metodología lenta y costosa. Por este motivo han aparecido nuevas metodologías basadas en marcadores moleculares, como la selección asistida por marcadores, que permiten aumentar su eficiencia. En este trabajo se presenta la prueba de concepto de una nueva estrategia basada en marcadores llamada Resíntesis. El objetivo es obtener individuos con la misma configuración genética que una variedad elite, pero con pequeños cambios que aporten nuevas características. Para ello se han genotipado 96 SNPs, 2 SSRs y el marcador InDel SRcod en 418 individuos de una población F2 de la variedad SweetDream (SD). Primero se ha construido un mapa genético para verificar la cobertura del genoma con los marcadores utilizados. Usando los genotipos obtenidos, se han seleccionado 6 individuos con un alto porcentaje del genoma con la misma configuración genética que el parental SD (Resíntesis A) y 4 parejas de individuos complementarios de forma que al cruzarlos se puedan obtener fácilmente individuos con una configuración genética similar a SD. El marcador SRcod nos ha permitido predecir qué individuos presentaran el carácter a descartar Slow Ripening (SR), que es una alteración en el proceso de maduración del fruto. En un futuro los individuos seleccionados (Res A) o sus descendientes (Res B), serán fenotipados para verificar si el individuo obtenido presenta alguna característica interesante, validando de esta forma la utilidad de la estrategia de la Resíntesis.

La millora genètica clàssica en presseguer és una metodologia lenta i costosa. Per aquest motiu han aparegut noves metodologies basades en marcadors moleculars, com la selecció assistida per marcadores, que permeten incrementar la seva eficiència. En aquest treball es presenta la prova de concepte d'una nova estratègia basada en marcadors anomenada Resíntesis. L'objectiu és obtenir individus amb la mateixa configuració genètica que una varietat èlit, però amb petits canvis que proporcionin noves característiques. Per això, s'han genotipat 96 SNPs, 2 SSRs i el marcador InDel SRcod en 418 individus d'una població F2 de la varietat SweetDream (SD). Primer, s'ha construït un mapa genètic per a verificar la cobertura del genoma amb els marcadors utilitzats. Fent servir el genotip obtingut, s'han seleccionat 6 individus amb un alt percentatge del genoma amb la mateixa configuració genètica que el parental SD (Resíntesis A) i 4 parelles d'individus complementaris de forma que al creuar-los es puguin obtenir fàcilment individus amb una configuració genètica similar a SD. El marcador SRcod ens ha permès preveure quins individus presentaran el caràcter a descartar Slow Ripening (SR), que és una alteració en el procés de maduració del fruit. En un futur, els individus seleccionats (Res A) o els seus descendents (Res B), seran fenotipats per a verificar si l'individu obtingut presenta alguna característica interessant, validant d'aquesta forma la utilitat de l'estratègia de la Resíntesis.

The classic genetic improvement in peach trees is a slow and expensive methodology. For this reason, new methodologies based on molecular markers, such as marker-assisted selection, have emerged to increase their efficiency. In this paper, we present the proof of concept of a new strategy based on markers called Resynthesis. The objective is to obtain individuals with the same genetic configuration as ab alite variety, with small changes that provide new characteristics. To do this, 96 SNPs, 2 SSRs and the InDel SRcod marker were genotyped in 418 individuals of an F2 population of the SweetDream (SD) variety. First, a genetic map has been constructed to verify the coverage of the genome with the markers used. Using the genotypes obtained, 6 individuals have been selected with a high percentage of the genome with the same genetic configuration as the SD parent (Resynthesis A) and 4 pairs of complementary individuals so that when crossing them, individuals with a similar genetic SD configuration can be easily obtained. The SRcod marker has allowed us to predict which individuals presented the character Slow Ripening to discard, which is an alteration in the process of fruit ripening. In the future, the selected individuals (Res A) or their descendants (Res B), will be phenotyped if the individual obtained presents an interesting characteristic, validating in this way, the usefulness of the Resynthesis strategy.