En este trabajo hemos analizado las concepciones de futuros maestros de Educación Primaria sobre el concepto de ecosistema y la evolución que éstas experimentan cuando realizan actividades de diseño y desarrollo de procesos de indagación. El estudio pone de manifiesto que este tipo de actividades favorece la progresión de conocimientos relacionados con distintos aspectos del concepto de ecosistema. Especialmente, los resultados muestran una evolución positiva en el reconocimiento del rol del ser humano dentro del ecosistema, mientras que se manifiestan dificultades de progreso en aspectos como la identificación de especies en el ecositema acuático y la discriminación entre componentes bióticos y abióticos.