EUgov és una línia de recerca integrada a l'IUEE i basada en la governança multinivell europea en els seus diversos aspectes teòrics i empírics. Les activitats de recerca es desenvolupen a través de subgrups temàtics (Medi ambient i Desenvolupament Sostenible, Política de Cohesió, Euroregions, Governança Regional i Local) involucrats en diferents projectes finançats, alguns liderats pel propi Institut i altres en els quals l'IUEE participa com a soci en xarxes de recerca europees.

L'any 2005, la línia va rebre el reconeixement de la Generalitat de Catalunya com a "Grup de Recerca Singular" amb dotació econòmica.