Utilizad este identificador para citar o enlazar este documento: http://hdl.handle.net/2072/200022

Disseminació, integració i visualització de dades biològiques
Gel Moreno, Bernat
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca; Messeguer Peypoch, Xavier
La recent revolució en les tècniques de generació de dades genòmiques ha portat a una situació de creixement exponencial de la quantitat de dades generades i fa més necessari que mai el treball en la optimització de la gestió i maneig d'aquesta informació. En aquest treball s'han atacat tres vessants del problema: la disseminació de la informació, la integració de dades de diverses fonts i finalment la seva visualització. Basant-nos en el Sistema d'Anotacions Distribuides, DAS, hem creat un aplicatiu per a la creació automatitzada de noves fonts de dades en format estandaritzat i accessible programàticament a partir de fitxers de dades simples. Aquest progrtamari, easyDAS, està en funcionament a l'Institut Europeu de Bioinformàtica. Aquest sistema facilita i encoratja la compartició i disseminació de dades genòmiques en formats usables. jsDAS és una llibreria client de DAS que permet incorporar dades DAS en qualsevol aplicatiu web de manera senzilla i ràpida. Aprofitant els avantatges que ofereix DAS és capaç d'integrar dades de múltiples fonts de manera coherent i robusta. GenExp és el prototip de navegador genòmic basat en web altament interactiu i que facilita l'exploració dels genomes en temps real. És capaç d'integrar dades de quansevol font DAS i crear-ne una representació en client usant els últims avenços en tecnologies web.
Recent advances in genomic data production technologies have lead to an exponential growth in the amount of biological data being generated. It is, then, very important to improve our range of biological data managing techniques and processes. Three different aspects of the problem has been taken into acoun: Dissemination, Integration and Visualization. Based on the Distributed Annotation System, DAS, a new system has been created for the automatic creation of standardized and programmatically accessible data sources from simple plain text data files. The software, easyDAS, is available at the European Bioinformatics Institute and encourages the process of data sharing. jsDAS is a new DAS client library written in javascript, making the process of integrating DAS data into web applications faster and easier. Leveraging the advantages of DAS, it is capable of integrating multiple data sources in a coherent and robuts maner. GenExp is a prototype of a highly interactive and usable web based genomic browser. It encourages the active exploration of the genome. GenExp can integrate data from any DAS source and create a visual representation of it on the client side using the latest advances in web technologies.
19-07-2012
Bioinformatica
Visualització -- Processament de dades
Web
L'accés als continguts d'aquest document queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/
18 p.
Informe
Els ajuts de l'AGAUR;2010FI_B2 00098
         

Documentos con el texto completo de este documento

Ficheros Tamaño Formato
2010 FI_B2 00098_Gel.pdf 571.0 KB PDF

Mostrar el registro completo del ítem

Documentos relacionados

Otros documentos del mismo autor/a

Gel Moreno, Bernat; Jenkinson, Andrew M; Jimenez, Rafael C; Messeguer Peypoch, Xavier; Hermjakob, Henning
Monzo, Mariano; Montserrat, Emili; Artells, Rosa; López-Guillermo, Armando; Navarro, Alfons; Gaya, Anna; Martínez Velasco, Antonio Benito; Urbano-Ispiuza, Álvaro; Pons, Aina; Balagué, Olga; Gel Moreno, Bernat; Abrisqueta, Pau
Gaya, Anna; Granell, Miquel; Urbano-Ispiuza, Álvaro; Pons, Aina; Aróstigui, Juan Ignacio; Gel Moreno, Bernat; Navarro, Alfons; Jansana, Sonia; Artells, Rosa; Monzó, Mariano; Montserrat, Emili; Yagüe, Jordi; Juan, Manel; Rozman, Ciril; Carreras, Enric; Rovira, Montserrat; Martínez, Carmen; Fernández-Avilés, Francesc; Talarn, Carme