To access the full text documents, please follow this link: http://hdl.handle.net/10854/408
| dc.contributor | Universitat de Vic. Grup de Recerca en Bioinformàtica i Estadística Mèdica |
|---|---|
| dc.contributor.author | Calle, M. Luz |
| dc.contributor.author | Urrea Gales, Víctor |
| dc.contributor.author | Malats i Riera, Núria |
| dc.contributor.author | Van Steen, Kristel |
| dc.date | 2008-01 |
| dc.identifier | http://hdl.handle.net/10854/408 |
| dc.identifier.uri | http://hdl.handle.net/10854/408 |
| dc.description | L’anàlisi de l’efecte dels gens i els factors ambientals en el desenvolupament de malalties complexes és un gran repte estadístic i computacional. Entre les diverses metodologies de mineria de dades que s’han proposat per a l’anàlisi d’interaccions una de les més populars és el mètode Multifactor Dimensionality Reduction, MDR, (Ritchie i al. 2001). L’estratègia d’aquest mètode és reduir la dimensió multifactorial a u mitjançant l’agrupació dels diferents genotips en dos grups de risc: alt i baix. Tot i la seva utilitat demostrada, el mètode MDR té alguns inconvenients entre els quals l’agrupació excessiva de genotips pot fer que algunes interaccions importants no siguin detectades i que no permet ajustar per efectes principals ni per variables confusores. En aquest article il•lustrem les limitacions de l’estratègia MDR i d’altres aproximacions no paramètriques i demostrem la conveniència d’utilitzar metodologies parametriques per analitzar interaccions en estudis cas-control on es requereix l’ajust per variables confusores i per efectes principals. Proposem una nova metodologia, una versió paramètrica del mètode MDR, que anomenem Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction (MB-MDR). La metodologia proposada té com a objectiu la identificació de genotips específics que estiguin associats a la malaltia i permet ajustar per efectes marginals i variables confusores. La nova metodologia s’il•lustra amb dades de l’Estudi Espanyol de Cancer de Bufeta. |
| dc.format | application/pdf |
| dc.language | eng |
| dc.rights | Aquest document està subjecte a aquesta llicència Creative Commons |
| dc.rights | http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/es/ |
| dc.rights | info:eu-repo/semantics/openAccess |
| dc.subject | Bioinformàtica |
| dc.subject | Biometria |
| dc.subject | Mineria de dades |
| dc.subject | Epidemiologia genètica |
| dc.title | MB-MDR: Model-Based Multifactor Dimensionality Reduction for detecting interactions in high-dimensional genomic data |
| dc.type | info:eu-repo/semantics/workingPaper |
Related documents
Other documents of the same author
Cattaert, Tom; Urrea Gales, Víctor; Naj, Adam C.; De Lobel, Lizzy; De Wit, Vanessa; Fu, Mao; Mahachie John, Jestinah M.; Shen, Haiqing; Calle, M. Luz; Ritchie, Marylyn D.; Edwards, Todd L.; Van Steen, Kristel
Van Lishout, François; Mahachie John, Jestinah M.; Gusareva, Elena S.; Urrea Gales, Víctor; Cleynen, Isabelle; Théâtre, Emilie; Charloteaux, Benoït; Calle, M. Luz; Wehenkel, Louis; Van Steen, Kristel
López de Maturana, Evangelina; Ye, Yuanging; Calle, M. Luz; Rothman, Nathaniel; Urrea Gales, Víctor; Kogevinas, Manolis; Petrus, Sandra; Chanock, Stephen; Tardón, Adonina; García-Closas, Montserrat; González-Neira, Anna; Vellalta, Gemma; Carrato, Alfredo; Navarro, Arcadi; Lorente-Galdós, Belén; Silverman, Debra T.; Real, Francisco X.; Wu, Xifeng; Malats i Riera, Núria
Pineda, Silvia; Real, Francisco X.; Kogevinas, Manolis; Carrato, Alfredo; Chanock, Stephen J.; Malats i Riera, Núria; Van Steen, Kristel
López De Maturana, Evangelina; Ye, Yuanqing; Calle, M. Luz; Rothman, Nathaniel; Urrea, Víctor; Kogevinas, Manolis; Petrus, Sandra; Chanock, Stephen J.; Tardón, Adonina; García Closas, Montserrat; González Neira, Anna; Vellalta, Gemma; Carrato, Alfredo; Navarro i Cuartiellas, Arcadi, 1969-; Lorente-Galdós, Belén, 1981-; Silverman, Debra T.; Real, Francisco X.; Wu, Xifeng; Malats i Riera, Núria