La recerca científica és una part important de l’activitat del Museu des dels seus orígens, amb l’objectiu d’estudiar i interpretar la diversitat de la vida i de les estructures geològiques que li donen suport, amb especial atenció als medis mediterranis. En aquesta tasca, el Museu se centra tant en la recerca basada en les col·leccions com en l’estudi de les espècies en el seu medi natural i avalua les interaccions amb l’entorn i entre elles.