Transcriptional and regulatory divergence between BRAF-V600E and non-V600E colon cancers

Abstract

Treball de fi de grau en Bioinformàtica. Curs 2024-2025

Tutors: Lea Lemler i Jose A. Seoane

Aquest projecte investiga les diferències transcriptòmiques i reguladores entre tumors de còlon amb mutacions BRAF-V600E, BRAF no-V600E i BRAF WT. Utilitzant dades d’RNA-seq i mutacions de les cohorts TCGA-COAD i E-MTAB-12862, vam dur a terme un anàlisi d’expressió diferencial i vam inferir l’activitat dels reguladors amb l’algoritme VIPER. Els tumors amb BRAF-V600E mostraren una forta activació immune i desregulació dels programes epitelials, mentre que els tumors amb mutacions no-V600E eren més heterogenis. L’anàlisi de xarxes reguladores va identificar conjunts diferenciats de factors de transcripció i proteïnes de senyalització segons el subtipus tumoral.

Este proyecto investiga las diferencias transcriptómicas y regulatorias entre tumores de colon con mutacions BRAF-V600E, BRAF no-V600E y BRAF WT. Utilizando datos de RNA-seq y mutaciones de las cohortes TCGA-COAD y E-MTAB-12862, realizamos un anàlisis de expresión diferencial e inferimos la actividad de reguladores mediante el algoritmo VIPER. Los tumores con BRAF-V600E mostraron señales inmunes fuertes y programas epiteliales desregulados, mientras que los tumores con mutaciones no-V600E fueron más heterogéneos. El anàlisis de redes regulatorias identifico conjuntos distintos de factores de transcripcion y proteinas de señalizacion según el subtipo tumoral.

This project investigates transcriptional and regulatory differences between BRAF-V600E, BRAF non-V600E, and BRAF WT colon tumors. Using RNA-seq and mutation data from TCGA-COAD and E-MTAB-12862, we performed differential expression analysis and inferred regulator activity via the VIPER algorithm. BRAF-V600E tumors showed strong immune signals and deregulated epithelial programs, while non-V600E tumors were more heterogeneous. Regulatory network analysis identified distinct sets of active transcription factors and signaling proteins across the diferent tumor subtypes.