Con el surgimiento del Perú como república independiente, la normativa constitucional del nuevo Estado reconoció a la religión católica como creencia oficial y a la Iglesia como institución puntal del nuevo orden. Así, durante las tres primeras décadas republicanas, la Iglesia mantuvo un equilibrio con el Estado en tanto ambos poderes se legitimaban mutuamente, participaban de las mismas concepciones regalistas y no estaban demasiado interesados en romper las estructuras socioeconómicas vigentes. No obstante, en forma tímida y esporádica, constatamos ya entonces el surgimiento de un debate que se prolongará a lo largo del siglo XIX, en torno a la inmigración, el progreso del país y la libertad de cultos.