El propósit d'aquesta memória es explicar el procediment que s'ha seguit en la paral·lelització del software cient PELE que es fa servir en el departament Life Sciences del BSC (Barcelona Supercomputing Center) per la recerca de nous medicaments. PELE és un software cient que es dedica a busca les contribucions d'energia en el buit i en el medi aquós entres els àtoms de mol·lècules d'un sistema. El software combina algoritmes de predicció d'estructures de proteínes i tècniques de simulació Monte Carlo per tal d'explorar totes les contribucions d'energia. La primera part del treball explica les tècniques i algoritmes que s'han fet servir en la paral·lelització de l'energia solvent del sistema. L'energia solvent és l'energia que es produeix en transferir una molècula des del buit al medi aquós. En aquesta part es presenta la versió seqüencial de l'algoritme i tres versions paral·leles implementades amb OpenCL. La segona part del treball explica el procediment seguit en la paral lelitaci o de la funci o quecalcula l'energia nonbonding del sistema. L'energia nonbonding es la suma de les energies que interaccionen entre els atoms d'una mol ecula en el buit. En aquesta part es presenta la versi o seq uencial de la funci o i quatre versions paral leles implementades amb OpenCL.

The purpose of this report is to explain the procedure in the parallelization of scientist software PELE that is used in the department Life Sciences of BSC (Barcelona Supercomputing Center) for search new medicines. PELE is a scienti c software dedicated to seeking contributions of energy in the vacuum and the aqueous amongst the atoms of molecules of a system. The software combines algorithms for predicting protein structures and simulation techniques MonteCarlo to explore all the energy contributions. The rst part of the work explains the techniques and algorithms that have been used in parallelization of solvent energy of the system. The solvent energy is the energy that occurs when transferring one molecule from the vacuum to the aqueous. This section presents the sequential version of the algorithm and three parallel versions implemented with OpenCL. The second part of the work explains the followed procedure in the parallelization of the functionthat calculates the nonbonding energy in the system. Nonbonding energy is the sum of the energies that interact with the atoms of a molecule in a vacuum. This section presents the sequential version of the function and four parallel versions implemented with OpenCL.