El objetivo de la investigación ha sido generar un sistema de evaluación de capacidades de innovación aplicable a pequeñas y medianas empresas (PYMES), de tal manera que se pueda conocer a fondo las capacidades de innovación en una organización permitiendo identificar falencias y requerimientos fundamentales para su éxito. La literatura converge hacia una doble dimensión al estudiar la innovación: como sistema y como proceso; donde las consideraciones contextuales son fundamentales. Para generar el sistema se investigaron enfoques, modelos, herramientas y pautas metodológicas de innovación. Se analizaron las características de procesos desde el punto de vista los países en desarrollo (PED), se compararon funciones de gestión de innovación y se establecieron interrelaciones entre funciones y variables del sistema. Como resultado se determinaron cinco capacidades endógenas requeridas para innovar y sus correspondientes categorías de análisis, así como dos nuevos elementos diferenciadores de procesos de innovación en PED: los focos de procesos de aprendizaje (FPA) y los focos de innovaciones incrementales (FII). Los resultados han sido aplicados en cuatro casos de PYMES en Panamá, concluyendo que la evaluación de capacidades permite situar a las organizaciones en diferentes niveles, compararlas e identificar falencias y posibles hojas de ruta para impulsar procesos de innovación.