2026-04-17T01:10:01Zhttps://recercat.cat/oai/request

oai:recercat.cat:2072/4449642026-03-13T07:22:07Zcom_2072_98col_2072_378192

Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies Massoni-Badosa, Ramon Iacono, G. Moutinho, Catia Kulis, M. Palau, Núria Marchese, Domenica Rodríguez-Ubreva, Javier Ballestar, Esteban Rodriguez-Esteban, G. Marsal, Sara Aymerich, Marta Colomer, Dolors Campo, Elias Julià Cano, Antonio Martin-Subero, Jose Ignacio Heyn, Holger Universitat Autònoma de Barcelona Single-cell Biobank RNA sequencing Peripheral blood mononuclear cells PBMC Chronic lymphocytic leukemia CLL Sampling Cryopreservation Benchmarking Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention. 2020 Article Instituto de Salud Carlos III CP14-00229 Agencia Estatal de Investigación SAF2017-89109-P Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-736 Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1142 European Commission 210574908 European Commission 810287 Genome biology ; Vol. 21 Núm. 1 (november 2020), p. 112 open access Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/