2026-04-18T06:00:09Zhttps://recercat.cat/oai/requestoai:recercat.cat:2072/4449642026-03-13T07:22:07Zcom_2072_98col_2072_378192
Sampling time-dependent artifacts in single-cell genomics studies
Massoni-Badosa, Ramon
Iacono, G.
Moutinho, Catia
Kulis, M.
Palau, Núria
Marchese, Domenica
Rodríguez-Ubreva, Javier
Ballestar, Esteban
Rodriguez-Esteban, G.
Marsal, Sara
Aymerich, Marta
Colomer, Dolors
Campo, Elias
Julià Cano, Antonio
Martin-Subero, Jose Ignacio
Heyn, Holger
Universitat Autònoma de Barcelona
Single-cell
Biobank
RNA sequencing
Peripheral blood mononuclear cells
PBMC
Chronic lymphocytic leukemia
CLL
Sampling
Cryopreservation
Benchmarking
Robust protocols and automation now enable large-scale single-cell RNA and ATAC sequencing experiments and their application on biobank and clinical cohorts. However, technical biases introduced during sample acquisition can hinder solid, reproducible results, and a systematic benchmarking is required before entering large-scale data production. Here, we report the existence and extent of gene expression and chromatin accessibility artifacts introduced during sampling and identify experimental and computational solutions for their prevention.
2020
Article
https://ddd.uab.cat/record/236418
urn:10.1186/s13059-020-02032-0
urn:oai:ddd.uab.cat:236418
urn:scopus_id:85084544222
urn:articleid:1474760Xv21n1a112
urn:pmid:32393363
urn:pmc-uid:7212672
urn:pmcid:PMC7212672
urn:oai:pubmedcentral.nih.gov:7212672
urn:oai:egreta.uab.cat:publications/3c6ce6e7-5cad-4759-8df0-9587689e13a0
eng
Instituto de Salud Carlos III CP14-00229
Agencia Estatal de Investigación SAF2017-89109-P
Ministerio de Economía y Competitividad IPT-010000-2010-36
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-736
Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1142
European Commission 210574908
European Commission 810287
Genome biology ; Vol. 21 Núm. 1 (november 2020), p. 112
open access
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús Creative Commons. Es permet la reproducció total o parcial, la distribució, la comunicació pública de l'obra i la creació d'obres derivades, fins i tot amb finalitats comercials, sempre i quan es reconegui l'autoria de l'obra original.
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
application/pdf