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Title:
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Enriquecimiento mediante vías metabólicas de datos de Cromatografía Líquida- Espectrometría de Masas a través de análisis espectral de grafos
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Author:
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Picart Armada, Sergio; Fernández Albert, Francesc; Vinaixa, Maria; Yanes, Óscar; Perera Lluna, Alexandre
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Other authors:
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Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Enginyeria de Sistemes, Automàtica i Informàtica Industrial; Universitat Politècnica de Catalunya. SISBIO - Senyals i Sistemes Biomèdics |
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Abstract:
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Una de las técnicas experimentales más extendidas en el ámbito de investigación biológica y la química analítica es la Cromatografía Líquida – Espectrometría de Masas, CL/EM, cuya salida informa sobre los compuestos presentes en las muestras mediante una técnica de separación física acoplada a una separación en función de la relación carga-masa. Las técnicas de enriquecimiento de vías metabólicas son preciadas en el tratamiento de conjuntos extensivos de datos, puesto que traducen esta información sobre computestos en términos de vías metabólicas a la vez que reducen el ruido estadístico. Las vías metabólicas son fuente de conocimiento por su estrecha relación con los mecanismos biológicos.
Este trabajo propone una nueva técnica de enriquecimiento de datos obtenidos en CL/EM mediante una estrategia en dos bloques. El primero consiste en plasmar la base de datos Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes en grafos interpretables. El segundo trata de aplicar algoritmos de difusión de calor y PageRank sobre dichos grafos, con el objetivo de llevar a término el enriquecimiento. Estos procedimientos se han aplicado en un caso real y sus resultados coinciden con los de validación funcional. |
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Abstract:
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Peer Reviewed |
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Subject(s):
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-Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica
-Liquid chromatography
-Mass spectrometry
-Cromatografia de líquids
-Espectrometria de masses |
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Rights:
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Document type:
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Article - Submitted version
Conference Object |
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Share:
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