Alors qu'il travaillait les lichens dans son laboratoire, chez lui à Nancy, le Professeur Werner s'écroula, victime d'une attaque cérébrale. Hospitalisé, il mourait quatre semaines après, le 28 mars 1977. Son travail, consacré surtout à la cryptogamie, et notamment à la recherche lichénologique, l'avait donc accompagné jusqu'à la fin de sa vie.