Utilizad este identificador para citar o enlazar este documento: http://hdl.handle.net/2072/2028

Approximating subtree distances between Phylogenies
Bonet Carbonell, Maria Luisa; St. John, Katherine; Mahindru, Ruchi; Amenta, Nina
Centre de Recerca Matemàtica
We give a 5-approximation algorithm to the rooted Subtree-Prune-and-Regraft (rSPR) distance between two phylogenies, which was recently shown to be NP-complete by Bordewich and Semple [5]. This paper presents the first approximation result for this important tree distance. The algorithm follows a standard format for tree distances such as Rodrigues et al. [24] and Hein et al. [13]. The novel ideas are in the analysis. In the analysis, the cost of the algorithm uses a \cascading" scheme that accounts for possible wrong moves. This accounting is missing from previous analysis of tree distance approximation algorithms. Further, we show how all algorithms of this type can be implemented in linear time and give experimental results.
03-2006
Filogènia
Mètodes estadístics
Arbres (Teoria dels grafs)
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús de Creative Commons, amb la qual es permet copiar, distribuir i comunicar públicament l'obra sempre que se'n citin l'autor original, la universitat i el centre i no se'n faci cap ús comercial ni obra derivada, tal com queda estipulat en la llicència d'ús (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/es/)
Edición preliminar
Centre de Recerca Matemàtica
Prepublicacions del Centre de Recerca Matemàtica;669
         

Documentos con el texto completo de este documento

Ficheros Tamaño Formato
Pr669.pdf 292.8 KB PDF

Mostrar el registro completo del ítem

Documentos relacionados