La creciente actividad minera en la región de Cajamarca (Perú), y concretamente en la parte alta de la cuenca del Jequetepeque, unido al creciente uso de los macroinvertebrados bentónicos como indicadores de la calidad de las aguas de los ecosistemas (ríos, lagos o humedales), han motivado la realización de un estudio sobre la calidad ecológica de la parte alta de la cuenca incidiendo en la relación entre la afectación minera por metales pesados y la presencia de macroinvertebrados. Los efectos de la contaminación han generado gran cantidad de estudios de impacto ambiental en América del Sur, pero muchos de ellos no son publicados, por lo que existe una extensa literatura gris, restringida en su difusión que no se refleja en publicaciones científicas y que raramente origina protocolos estandarizados. Por ello, este estudio quiere hacer una propuesta de protocolo para la calidad ecológica de los ríos de la zona alto andina. En concreto, se ha planteado conocer el estado ecológico de los ríos de la parte alta de la cuenca. La metodología usada se basa en el uso de estaciones de referencia como línea base y la calidad ecológica mediante el protocolo de la Calidad Ecológica de Ríos Andinos (CERA) para evaluar la calidad ecológica de las estaciones de monitoreo. Además, se ha comparado estos resultados con análisis de agua y sedimentos en la región estudiada. De esta manera, se pretende diseñar y ejecutar la primera campaña de monitoreo como prueba piloto. La utilización de macroinvertebrados como indicadores de calidad de ecológica busca una opción barata para mantener un control de la calidad de las aguas de los ríos como alternativa a los costosos análisis de aguas y sedimentos. A partir del análisis de resultados del índice CERA, se ha determinado 18 estaciones de referencia y 4 estaciones de control. Se obtiene una calidad ecológica buena para dos de las estaciones de control. El resto de las estaciones, presentan calidad ecológica regular o pésima y son las más próximas a emplazamientos mineros. Además, se ha creado una línea base de la variedad de taxa de los macroinvertebrados la cuenca, mostrando una mayor sensibilidad a los contaminantes del análisis cuantitativo que el protocolo CERA.