Los antibióticos pueden administrarse de forma terapéutica -en una infección ya establecida-o de forma profiláctica. La necesidad de profilaxis antibiótica en cirugía bucal es un tema controvertido, así como su correcta administración. Debe realizarse únicamente en aquellos procedimientos que supongan un elevado riesgo de infección (extracciones traumáticas del tercer molar o qúe haya sufrido repetidos procesos de pericoronaritis) y en determinados casos de pacientes médicamente comprometidos. El antibiótico de elección es la penicilina, aunque en determinados casos puede usarse algún medicamento alternativo como el metronidazol. En pacientes sanos debe administrarse una dosis preoperatoria doble a la terapéutica y una o dos dosis postoperatorias. En pacientes médicamente comprometidos con riesgo a sufrir una endocarditis bacteriana se seguirán las recomendaciones de la British Society for Antimicrobial Chemoterapy (BSAC) o de la American Heart Association (AHA).