Utilizad este identificador para citar o enlazar este documento: http://hdl.handle.net/2072/169773

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web
Gispert Pons, Bernat
Universitat Autònoma de Barcelona. Escola d'Enginyeria; Huerta Casado, Mario; Gonzàlez i Sabaté, Jordi
Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/
Hay varios métodos de análisis que llevan a una agrupació global de la serie de muestras de microarrays, como Self-Organizing Maps, o que realizan agrupaciones locales considerando sólo un subconjunto de genes coexpressados, como Biclustering, entre otros. En este proyecto se ha desarrollado una aplicación web: el PCOPSample-cl, es una herramienta que pertenece a los métodos de agrupación (clustering) local, que no busca subconjuntos de genes coexpresados (análisis de relaciones lineales), sino pares de genes que ante cambios fenotípicos su relación de expresión sufre fluctuaciones. El resultado de PCOPSample-cl seran la distintas distribuciones finales de clusters y los pares de genes involucrados en estos cambios fenotípicos. Estos pares de genes podran ser estudiados para encontrar la causa y efecto del cambio fenotípico. Ademàs, la herramienta facilita el estudio de las dependencias entre las diferentes distribuciones de clusters que proporciona la aplicación para poder estudiar la intersección entre clusters o la aparición de subclusters (2 clusters de una misma agrupación de clusters pueden ser subclusters de diferentes distribuciones de clusters). La herramienta está disponible en el servidor: http://revolutionresearch.uab.es/
There are several analytical methods that perform a global clustering of the microarray sample series, such as Self-Organizing Maps, or which perform local clusterings considering only a subset of coexpressed genes, such as Biclustering, and so on. The PCOPSample-cl belongs to the local-clustering methods, but not considering subsets of co-expressed genes if not considering only pairs of genes whose expression dependence suffers a fluctuation due to a phenotype change. The phenotypes involved in the phenotype change will constitute de final sample clusters. The pairs of genes whose expression dependence suffers the phenotype change are provided together with the sample-clusters arrangement they belongs. These pairs of genes can be used to study the cause or the effect of the phenotype changes. The different sample-culster arrangements can be compared to determine their dependence: cluster-intersection or subclusters (two clusters of one cluster arrangement can be subclusters of other cluster of a different cluster arrangement). The webtool is available at the server: http://revolutionresearch.uab.es/
06-2010
004 - Informàtica
Biologia computacional -- Mètodes
Genètica -- Processament de dades
Programació en Internet
Interfícies d'usuari (Sistemes d'ordinadors) -- Disseny
Aquest document està subjecte a una llicència d'ús de Creative Commons, amb la qual es permet copiar, distribuir i comunicar públicament l'obra sempre que se'n citin l'autor original, la universitat i l'escola i no se'n faci cap ús comercial ni obra derivada, tal com queda estipulat en la llicència d'ús (http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/es/)
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis
         

Documentos con el texto completo de este documento

Ficheros Tamaño Formato Descripción
PFC_BernatGispertPons_informePrevi.pdf 233.4 KB PDF Informe previ
PFC_BernatGispertPons_presentació.pdf 1.135 MB PDF Presentació
PFC_BernatGispertPons.pdf 2.746 MB PDF Projecte

Mostrar el registro completo del ítem