http://www.recercat.cat:80/handle/2072/1758 www.gencat.cat/agaur Wed, 19 Jun 2013 11:25:23 GMT 2013-06-19T11:25:23Z http://www.recercat.cat:80/bitstream/id/34084/ http://www.recercat.cat:80/handle/2072/1758 http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212329 Anàlisi del sistema productiu i comercial del vi de la Tarraconensis a partir de la combinació de metodologies Baix Llobregat; Martínez Ferreras, Verònica Des del segon quart del s. I aC i, especialment, durant el regnat d’August, es va desenvolupar a l’antiga província Tarraconensis un sistema productiu centrat en l’explotació agrària vitivinícola amb una finalitat clarament comercial. La majoria d’assentament vitivinícoles es troben emplaçats al litoral català, associats de vegades a figlinae que fabricaven les àmfores per al transport i comerç de l’excedent vinícola. No obstant, a l’àrea del Vallès Occidental i del Baix Llobregat es troben una sèrie de vil•les vinculades a la producció de vi i a la fabricació d’àmfores que han proporcionat restes molt significatives sobre la contribució d’aquesta zona a l’expansió econòmica de la província. La caracterització arqueològica i arqueomètrica d’un gran nombre d’àmfores procedents de diversos tallers ceràmics situats al Vallès Occidental i al Baix Llobregat, utilitzant diverses tècniques d’anàlisi química, mineralògica i petrogràfica, ha portat a establir quins tipus d’àmfores es van fabricar a cada taller i de quina manera. S’han identificat alguns dels processos tecnològics de la cadena operativa: la selecció i processat de les matèries primeres per conformar la pasta procedents, generalment, de l’àrea on es troba cada centre de producció, el modelatge, l’assecat i la cocció de les peces. En alguns dels casos analitzats, s’ha identificat quins tipus de contenidors van ser importants a l’establiment i la seva provinença. La integració d’aquests resultats en la base de dades analítica que disposa l’ERAAUB ha permès avaluar el grau d’estandardització dels processos tecnològics en aquesta àrea. La contrastació final amb les dades històriques i arqueològiques contribueix al coneixement arqueològic de les àmfores vinàries de la Tarraconensis i, a través d’elles, al coneixement de les societats que les van fabricar, comercialitzar i utilitzar.; Wine production was developed in north-eastern Spain during the second quarter of the 1st century BC, and especially, during the Augustan period, when new Roman towns were founded and new farms or villae emerged in rural areas. Their activity was based on a surplus wine production intended for widespread distribution in a large complex trade-network. Most of the villae devoted to wine production were located on the Catalan coast and in some cases it is evidenced the presence of pottery workshops which produced amphorae for trading the surplus wine. However, in the inner central area of Catalonia - Vallès Occidental and Baix Llobregat regions - there are several important villae which evidenced the contribution of this territory to the economical development of the Tarraconensis province. The archaeological and the archaeometrical characterisation of a large number of amphorae shards from these pottery workshops, using various techniques of chemical, mineralogical and petrographic analysis, has led to establish what types of amphorae were produced at each one. The analysis has also conducted to the identification of some technological processes concerning amphorae production – the selection and processing of raw materials, modelling, drying and firing –and in some cases, the amphorae imports at each site have been also identified. The integration of this data in the analytic database of the ERAAUB team has allowed assessing the degree of standardization of the technological processes in pottery making in this area. This data combined with the archaeological and historical data contributes to the knowledge of the Tarraconensis wine amphorae production and, through them, to the knowledge of the people involved in production, trade and use. Mon, 01 Oct 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212329 2012-10-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212328 Esfingolipids i senyal•lització cel.lular: l'(E)-2-hexadecenal com a possible lípid bioactiu Bedia Girbés, Carmen L’esfingosina-1-fosfat (S1P) és un lípid bioactiu amb funcions crucials en la biologia cel•lular. Entre aquestes, la seva activitat mitogènica i citoprotectora són les més estudiades. L’S1P és catabolitzada intracel•lularment mitjançant l’esfingosina-1-fosfat liasa (SGPL1) per generar (E)-2-hexadecenal i fosforiletanolamina. L’objectiu d’aquest projecte és explorar si l’(E)-2-hexadecenal és realment un catabòlit innocu o bé si, pel seu caràcter acceptor de Michael, és capaç de reaccionar amb pèptids o proteïnes específics. Aquesta interacció podria traduïr-se en funcions biològiques determinades, algunes de les quals són possiblement atribuïdes a l’esfingosina-1-fosfat com a tal. Per poder explorar el potencials adductes proteïcs amb l’aldehid, s’han emprat, sobre cèl•lules HeLa que sobreexpressen SGPL1, sondes anàlegs a esfingosina i esfinganina (i els seus derivats fosforil•lats) que presenten una funció azida en la posició omega de la cadena esfingoide. Aquestes, mitjançant química click sense coure, s’han fet reaccionar amb una molècula que presenta un dibenzociclooctí unit a biotina DBCObiotina). Després d’aïllar les proteïnes així biotinilades amb una reïna d’estreptavidina, aquestes es van separar per electroforesi. Les bandes proteïques observades es van extreure del gel i es van digerir amb tripsina, per posteriorment analitzar els pèptids per MALDI-TOF, el que permetria l’identificació de proteïnes a partir de “peptide mass fingerprinting”. Lamentablement, a la fi d’aquest contracte, encara no s’ha pogut identificar cap proteïna que s’uneixi a l’aldehid alliberat per la reacció de l’esfingosina-1- fosfat liasa. No obstant, durant aquest temps s’ha millorat el mètode per detectar aquests adductes proteïcs. Per això, si la recerca continua en aquesta línia, properament es podria saber amb certesa si existeixen o no aquestes interaccions covalents entre determinades proteïnes i l’(E)-2-hexadecenal.; Sphingosine-1-phosphate (S1P) is a well-known bioactive lipid with crucial functions in cellular biology. Its activities as mitogenic and cytoprotective lipid are the most studied. S1P is catabolized by sphingosine-1-phosphate lyase to release (E)-2-hexadecenal and phosphorylethanolamine. The aim of this project is to explore the ability of (E)-2-hexadecenal, a Michael acceptor, to react with specific peptides or proteins. This potential interaction would be traduced in concrete biological functions, some of them already attributed to S1P. In order to explore this possibility, we have added, to SGPL1 overexpressing HeLa cells, some sphingoid probes (sphingosine, sphinganine and their phosphorylated derivatives) containing an azide group at the omega position of the sphingoid chain. These molecules, by means of copper-free click chemistry, reacted with a molecule containing a dibenzocyclooctyne and a biotin (DBCO-biotin). After the affinity isolation using streptavidin-agarose beads, the biotinylated proteins were separated by electrophoresis. The protein bands were extracted and digested with trypsin. The resulting peptides were analyzed by MALDI-TOF, to identify the proteins by “peptide mass fingerprinting”. Unfortunately, at the end of this contract, any protein adducts have been found. However, the protocol to isolate and identify them have been set up and, probably, if this research goes on, the covalent interactions between (E)-2-hexadecenal and proteins would be soon identified. Thu, 04 Apr 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212328 2013-04-04T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212327 Distributed all-atom simulations of intrinsically unstructured proteins Giorgino, Toni The Computational Biophysics Group at the Universitat Pompeu Fabra (GRIB-UPF) hosts two unique computational resources dedicated to the execution of large scale molecular dynamics (MD) simulations: (a) the ACMD molecular-dynamics software, used on standard personal computers with graphical processing units (GPUs); and (b) the GPUGRID. net computing network, supported by users distributed worldwide that volunteer GPUs for biomedical research. We leveraged these resources and developed studies, protocols and open-source software to elucidate energetics and pathways of a number of biomolecular systems, with a special focus on flexible proteins with many degrees of freedom. First, we characterized ion permeation through the bactericidal model protein Gramicidin A conducting one of the largest studies to date with the steered MD biasing methodology. Next, we addressed an open problem in structural biology, the determination of drug-protein association kinetics; we reconstructed the binding free energy, association, and dissaciociation rates of a drug like model system through a spatial decomposition and a Makov-chain analysis. The work was published in the Proceedings of the National Academy of Sciences and become one of the few landmark papers elucidating a ligand-binding pathway. Furthermore, we investigated the unstructured Kinase Inducible Domain (KID), a 28-peptide central to signalling and transcriptional response; the kinetics of this challenging system was modelled with a Markovian approach in collaboration with Frank Noe’s group at the Freie University of Berlin. The impact of the funding includes three peer-reviewed publication on high-impact journals; three more papers under review; four MD analysis components, released as open-source software; MD protocols; didactic material, and code for the hosting group. Mon, 20 May 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212327 2013-05-20T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212326 Desarrollo y validación de ensayos rápidos para la detección de aeroalérgenos ocupacionales/ambientales: soja i proteinas séricas de paloma Gómez Ollés, Susana Tanto el asma ocupacional como la neumonitis por hipersensibilidad, como es el pulmón del cuidador de aves, son patologías respiratorias que se pueden prevenir o disminuir su aparición mediante la evitación de la fuente antigénica. Para poder actuar de forma preventiva es de utilidad el disponer de ensayos rápidos que sean capaces de estimar la presencia de alérgeno de forma inmediata. En el marco de este proyecto de dos años de duración tenemos por objeto el desarrollar y estandarizar dos métodos rápidos, inmunocromatográficos, para la determinación de alérgenos de soja y de proteínas séricas de paloma. Alérgenos que han sido seleccionados por su importancia en el medio como agentes causales de asma y neumonitis por hipersensibilidad, respectivamente. También tenemos por objeto determinar la carga de alérgeno de soja en la fracción de partículas menores de 10 micrómetros (PM10) en los alrededores del puerto de Barcelona y comprarla con los niveles en los filtros de partículas suspendidas totales (TSP). Como pasos previos al desarrollo de los ensayos rápidos se han producido anticuerpos específicos frente al extracto de cáscara de soja de bajo peso molecular y frente al suero de paloma, se ha desarrollado un ELISA tipo sándwich para cada alérgeno y parte de los anticuerpos se ha conjugado con oro coloidal. El ensayo inmunocromatográfico para la soja presenta un límite de detección de 6.25ng/ml y ha sido validado mediante el análisis de 119 muestras ambientales, presentando una elevada especificidad y sensibilidad. El ensayo inmunocromatográfico para la determinación de antígenos séricos de paloma requiere ser validado. Mediante un métodos de ELISA de inhibición se han determinado los niveles de alérgeno de soja en filtros PM10 y TSP. A pesar de la buena correlación entre los niveles de alérgeno en ambos filtros, se observó una amplia variación en la proporción PM10/TSP entre días.; Allergen avoidance can help prevent or reduce occupational asthma and hypersensitivity pneumonitis such as bird breeder’s lung. In order to prevent these lung diseases from ocurring it is helpful to have rapid tests able to estimate the presence of allergen immediately. During this two years project, we aim to develop and standardize two rapid immunochromatographic tests to determine soy allergens and pigeon serum antigens. Those allergens have been chosen for their importance in our environment as causative agents of asthma or hypersensitivity pneumonitis, respectively. We also aim to determine the burden of soy bean allergen in soy particles smaller than 10 micrometers (PM10) in the vicinity of the port of Barcelona and compare those levels with levels in the filters of total suspended particles (TSP). As a previous step for the development of both immunochromatographic tests, specific antibodies were produced against soybean hull low molecular weight extract and pigeon serum, a sandwich ELISA was developed for each allergen and part of the antibodies was conjugated to colloidal gold. The limit of detection of the immunochromatographic test to determine soy allergens was 6.25 ng/ml and the test was validated by analysing 119 environmental samples and showed high sensitivity and specificity. The immunochromatographic test for determining pigeon serum antigens require validation. Soy allergen levels in PM10 and TSP filters were analysed by inhibition ELISA method. Mon, 15 Apr 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212326 2013-04-15T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212292 Algorithmic aspects of bio-inspired string operations Klaus-Peter, Leupold We present building blocks for algorithms for the efficient reduction of square factor, i.e. direct repetitions in strings. So the basic problem is this: given a string, compute all strings that can be obtained by reducing factors of the form zz to z. Two types of algorithms are treated: an offline algorithm is one that can compute a data structure on the given string in advance before the actual search for the square begins; in contrast, online algorithms receive all input only at the time when a request is made. For offline algorithms we treat the following problem: Let u and w be two strings such that w is obtained from u by reducing a square factor zz to only z. If we further are given the suffix table of u, how can we derive the suffix table for w without computing it from scratch? As the suffix table plays a key role in online algorithms for the detection of squares in a string, this derivation can make the iterated reduction of squares more efficient. On the other hand, we also show how a suffix array, used for the offline detection of squares, can be adapted to the new string resulting from the deletion of a square. Because the deletion is a very local change, this adaption is more eficient than the computation of the new suffix array from scratch. Mon, 19 Nov 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212292 2012-11-19T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212291 Mophological analysis of the human vasculature from medical imaging. Application to cerebral and coranary arteries Cárdenes Almeida, Rubén In this project, we have investigated new ways of modelling and analysis of human vasculature from Medical images. The research was divided in two main areas: cerebral vasculature analysis and coronary arteries modeling. Regarding cerebral vasculature analysis, we have studed cerebral aneurysms, internal carotid and the Circle of Willis (CoW). Aneurysms are abnormal vessel enlargements that can rupture causing important cerebral damages or death. The understanding of this pathology, together with its virtual treatment, and image diagnosis and prognosis, includes identification and detailed measurement of the aneurysms. In this context, we have proposed two automatic aneurysm isolation method, to separate the abnormal part of the vessel from the healthy part, to homogenize and speed-up the processing pipeline usually employed to study this pathology, [Cardenes2011TMI, arrabide2011MedPhys]. The results obtained from both methods have been also compared and validatied in [Cardenes2012MBEC]. A second important task here the analysis of the internal carotid [Bogunovic2011Media] and the automatic labelling of the CoW, Bogunovic2011MICCAI, Bogunovic2012TMI]. The second area of research covers the study of coronary arteries, specially coronary bifurcations because there is where the formation of atherosclerotic plaque is more common, and where the intervention is more challenging. Therefore, we proposed a novel modelling method from Computed Tomography Angiography (CTA) images, combined with Conventional Coronary Angiography (CCA), to obtain realistic vascular models of coronary bifurcations, presented in [Cardenes2011MICCAI], and fully validated including phantom experiments in [Cardene2013MedPhys]. The realistic models obtained from this method are being used to simulate stenting procedures, and to investigate the hemodynamic variables in coronary bifurcations in the works submitted in [Morlachi2012, Chiastra2012]. Additionally, another preliminary work has been done to reconstruct the coronary tree from rotational angiography, and published in [Cardenes2012ISBI]. Sun, 01 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212291 2012-01-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212290 CAV2 vector gene transfer into central nervious System Bayó Puxan, Neus Estudi realitzat a partir d’una estada al Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier, França, entre 2010 i 2012. En aquest projecte s’ha avaluat les avantatges dels vectors adenovirals canins tipus 2 (CAV2) com a vectors de transferència gènica al sistema nerviós central (SNC) en un model primat no-humà i en un model caní del síndrome de Sly (mucopolisacaridosis tipus 7, MPS VII), malaltia monogènica que cursa amb neurodegeneració. En una primera part del projecte s’ha avaluat la biodistribució, l’eficàcia i la durada de l’expressió del transgen en un model primat no humà, (Microcebus murinus). Com ha vector s’ha utilitzat un CAV2 de primera generació que expressa la proteïna verda fluorescent (CAVGFP). Els resultats aportats en aquesta memòria demostren que en primats no humans, com en d’altres espècies testades anteriorment per l’equip de l’EJ Kremer, la injecció intracerebral de CAV2 resulta en una extensa transducció del SNC, siguent les neurones i els precursors neuronals les cèl•lules preferencialment transduïdes. Els vectors canins, servint-se de vesícules intracel•lulars són transportats, majoritàriament, des de les sinapsis cap al soma neuronal, aquest transport intracel•lular permet una extensa transducció del SNC a partir d’una única injecció intracerebral dels vectors virals. En una segona part d’aquest projecte s’ha avaluat l’ús terapèutic dels CAV2. S’ha injectat un vector helper-dependent que expressa el gen la b-glucuronidasa i el gen de la proteïna verda fluorescent (HD-RIGIE), en el SNC del model caní del síndrome de Sly (MPS VII). La biodistribució i la eficàcia terapèutica han estat avaluades. Els nivells d’activitat enzimàtica en animals malalts injectats amb el vector terapèutic va arribar a valors similars als dels animals no afectes. A més a més s’ha observat una reducció en la quantitat dels GAGs acumulats en les cèl•lules dels animals malalts tractats amb el vector terapèutic, demostrant la potencialitat terapèutica dels CAV2 per a malalties que afecten al SNC. Els resultats aportats en aquest treball ens permeten dir que els CAV2 són unes bones eines terapèutiques per al tractament de malalties que afecten al SNC.; Report for the scientific sojourn carried out at the al Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier, France, from 2010 to 2012. Advantages of canine adenoviral vector type 2 (CAV2) as a CNS gene transfer vector have been assessed in a non-human primate model and in a canine model for Sly Syndrome; monogenic neurodegenerative disease. Biodistribution, efficacy and transgene expression has been assessed in a non-human primate model. CAV2 first generation vector expressing GFP has been used. Results show a widespread CNS transduction of CAV2 in non-human primates, as in other many species previously tested. As in other species, CAV2 preferentially transduces neurons and neural precursor cells. CAV2 are naturally retrogradelly transported allowing widespread distribution along the brain. Therapeutical use of CAV2 vectors has been also assessed. A helper-dependent vector expressing b-glucuronidase and GFP (HD-RIGIE) has been intracerebraly injected into Sly dogs. Biodistribution and therapeutical benefits have been analyzed. Enzymatic activity of b-glucuronidase has been restored on Sly-dogs treated with HD-RIGIE reaching to normal enzymatic levels. Moreover a reduction on GAG accumulation has also been observed on HD-RIGIE-treated dogs. CAV2-based vectors are promising therapeutical tools to treat diseases affecting CNS. Mon, 08 Apr 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212290 2013-04-08T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212289 Hypoxia and vasculature in models of lung cancer: implications for targeted therapeutics Vilalta Colomer, Marta Estudi realitzat a partir d’una estada a la Stanford University School of Medicine. Division of Radiation Oncology, Estats Units, entre 2010 i 2012. Durant els dos anys de beca postdoctoral he estat treballant en dos projectes diferents. En primer lloc, i com a continuació d'estudis previs del grup, volíem estudiar la causa de les diferències en nivells d'hipòxia que havíem observat en models de càncer de pulmó. La nostra hipòtesi es basava en el fet que aquestes diferències es devien a la funcionalitat de la vasculatura. Vam utilitzar dos models preclínics: un en què els tumors es formaven espontàniament als pulmons i l'altre on nosaltres injectàvem les cèl•lules de manera subcutània. Vam utilitzar tècniques com la ressonància magnètica dinàmica amb agent de contrast (DCE-MRI) i l'assaig de perfusió amb el Hoeschst 33342 i ambdues van demostrar que la funcionalitat de la vasculatura dels tumors espontanis era molt més elevada comparada amb la dels tumors subcutanis. D'aquest estudi, en podem concloure que les diferències en els nivells d'hipòxia en els diferents models tumorals de càncer de pulmó podrien ser deguts a la variació en la formació i funcionalitat de la vasculatura. Per tant, la selecció de models preclínics és essencial, tant pels estudi d'hipòxia i angiogènesi, com per a teràpies adreçades a aquests fenòmens. L'altre projecte que he estat desenvolupant es basa en l'estudi de la radioteràpia i els seus possibles efectes a l’hora de potenciar l'autoregeneració del tumor a partir de les cèl•lules tumorals circulants (CTC). Aquest efecte s'ha descrit en alguns models tumorals preclínics. Per tal de dur a terme els nostres estudis, vam utilitzar una línia tumoral de càncer de mama de ratolí, marcada permanentment amb el gen de Photinus pyralis o sense marcar i vam fer estudis in vitro i in vivo. Ambdós estudis han demostrat que la radiació tumoral promou la invasió cel•lular i l'autoregeneració del tumor per CTC. Aquest descobriment s'ha de considerar dins d'un context de radioteràpia clínica per tal d'aconseguir el millor tractament en pacients amb nivells de CTC elevats.; Report for the scientific sojourn carried out at the Stanford University School of Medicine. Division of Radiation Oncology, from 2010 to 2012. During the two years- fellowship I have been working in two different projects. First of all, and as a follow up of our previous studies, we wanted to clarify the reason for the discrepancy in the levels of hypoxia in different models of lung cancer. We hypothesized that the differences were due to the functionality of the vasculature. Thus we employed both spontaneous lung tumors as well as subcutaneous ones and we performed diferent techniques in order to compare the vessels from these models. Both dynamic contrast enhanced magnetic resonance (DCE-MRI) as well Hoechst 33324 perfusion assay demonstrated that the leakiness and, therefore, the functionality of the vasculature was much greater in the spontaneous tumor models comparing to the subcutaneous injected counterparts. From this study we can also conclude that the discrepancy in the hypoxia level in these different tumor models could be a consequence of the variation in both vessel formation and functionality. Thus, judicious selection of preclinical lung tumor models is essential for the study of both, hypoxia and angiogenesis, as well as therapies targeting these phenomena. The other project I have been developing is based on the fact that we wanted to investigate if the irradiation therapy of some tumors could enhance the tumor self-seeding by circulating tumor cells (CTCs), which has already been observed to occur in some preclinical tumor models. In order to do that we used a metastatic mouse breast cancer cell line, 4T1, either transfected with luciferase or unlabeled. We perform in vitro transwell assays, as well as, in vivo studies. Both studies demonstrated that the irradiation promoted cell invasion and tumor self-seeding by CTCs. These findings should be considered in the context of clinical radiotherapy in order to achieve the optimal treatment outcomes in patients with significant levels of CTCs. Sat, 01 Sep 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212289 2012-09-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212288 Estudi de la regulació del procés de formació de la fusta per a l’obtenció de biomassa i biocombustibles: el paper clau de dos factors de transcripció MYB amb funcions antagòniques Soler del Monte, Marçal Estudi realitzat a partir d’una estada al Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales - Université Toulouse III, entre 2010 i 2012. Durant l’estada s’han pogut complir els principals objectius del projecte de recerca sobre la regulació de la formació de les parets secundàries en un arbre d’importància econòmica, l’eucaliptus. S’ha caracteritzat dos factors de transcripció, EgMYB1 i 2, comparant el seu patró d’expressió espaciotemporal a nivell cel•lular i estudiant l’efecte fenotípic de la pèrdua de funció d’aquests gens. A més, s’ha construït una llibreria de xilema d’eucaliptus adaptada a la tècnica dels dos híbrids i s’ha descobert alguns del partners proteics d’EgMYB1 i 2, els quals estic actualment validant per mètodes alternatius. Augmentant els objectius inicials de la sol•licitud, he aprofitat la recent publicació del genoma de l’Eucalyptus grandis per identificar i caracteritzar el patró d’expressió de vàries famílies gèniques.; Report for the scientific sojourn carried out at the al Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales - Université Toulouse III, from 2010 to 2012. During the research period it has been accomplished the main objectives of my research project dedicated to the regulation of the secondary cell wall formation in a tree of economic importance, eucalyptus. It have been characterized two transcription factors, EgMYB1 & 2, comparing their spatiotemporal expression pattern at tissular and cellular level and studying the phenotypic effect of their loss-of-function in transgenic lines. It has been also constructed a eucalyptus xylem yeast-two-hybrid library and discovered some candidate protein partners for each of the two genes, beeing currently validated by alternative methods. Enlarging the objectives of the initial grant proposal, the recently released Eucalyptus grandis genome sequence it has been profited to identify and characterize the expression of several whole gene families. Four scientific papers, one as first author and two as a second author, are ready to be submitted Mon, 24 Sep 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212288 2012-09-24T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212287 Neogene antecedents of the modern human hand and its relation to bipedalism Almécija Martínez, Sergio El present projecte s'ha dut a terme a l'American Museum of Natural History (AMNH, New York) entre el 31 de Desembre de 2010 i el 30 de Desembre de 2012. L'objectiu del projecte era elucidar la història evolutiva de la mà humana: traçar els canvis evolutius en la seva forma i proporcions que van propiciar la seva estructura moderna que permet als humans manipular amb precisió. El treball realitzat ha inclòs recol•lecció de dades i anàlisis, redacció de resultats i formació en mètodes analítics específics. Durant aquest temps, l'autor a completat la seva de base de dades existent en mesures lineals de la mà a hominoides. També s'han agafat dades del peu; d'aquesta forma ara mateix es compta amb una base de dades amb més de 500 individus, amb més de 200 mesures per cada un. També s'han agafat dades en tres imensions utilitzant un làser escàner. S'han après tècniques de morfometria geomètrica 3D directament dels pioners al camp a l'AMNH. Com a resultat d'aquesta feina s'han produït 10 resums (publicats a congressos internacionals) i 9 manuscrits (molts d'ells ja publicats a revistes internacionals) amb resultats de gran rellevància: La mà humana posseeix unes proporcions relativament primitives, que són més similars a les proporciones que tenien els hominoides fòssils del Miocè que no pas a la dels grans antropomorfs actuals. Els darrers tenen unes mans allargades amb un polzes molt curts que reflexen l'ús de la mà com a eina de suspensió sota les branques. En canvi, els hominoides del Miocè tenien unes mans relativament curtes amb un polze llarg que feien servir per estabilitzar el seu pes quan caminaven per sobre de les branques. Una vegada els primers homínids van aparèixer al final del Miocè (fa uns 6 Ma) i van començar a fer servir el bipedisme com a mitjà més comú de locomoció, les seves mans van ser "alliberades" de les seves funcions locomotores. La selecció natural—ara només treballant en la manipulació—va convertir les proporcions ja existents de la mà d'aquests primats en l'òrgan manipulatori que representa la mà humana avui dia.; The present project was performed at the American Museum of Natural History (AMNH, New York) during the lapse of time comprised between December 31st 2010 and December 30th 2012. The objective of the project was to elucidate the evolutionary history of the human hand: tracing the main shape changes and proportions that led to the current morphology that allows humans to manipulate with precision. The work included data collection and analysis, results writing, as well as methods learning. During this time, the author has improved his existint database on hand linear measurements. Data has been also collected in the foot; a huge database of more than 500 specimens is available with more than 200 measurements per individual. Data has been acquired too in threedimensions using a laser scanner. 3D geometric morphometrics techniques have been learnt from the pioneers in the field based at the AMNH. As a results of this work 10 abstracts and 9 manuscripts have been produced and results on the origins of hominins have been found: The hand proportions of humans and fossil relatives are largely primitive, more similar to those displayed by fossil Miocene apes than to those of extant great apes. The latter have elongated hands with short thumbs that are used primarily as "hooks" during below-branch suspensory behaviors. Miocene apes, on the other hand, had relatively short hands with long thumbs that were used to assist the grasping during above-branch quadrupedalism. Once earliest hominins appeared at the end of the Miocene (ca. 6 Ma) the start to rely on bipedal locomotion, their hands became largely freed from locomotor demands and natural selection—working now almost exclusively on manipulation—shaped the human hand into its corrent form. Mon, 21 Jan 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212287 2013-01-21T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212285 L’assalt de l’aristocràcia gal•loromana al poder episcopal (darrer quart del s. IV-primer quart del s. VI): estratègies de persuasió social i controvèrsies doctrinals derivades de les interpretacions aristocratitzants de la comunitat cristiana Villegas Marín, Raúl Estudi realitzat a partir d’una estada al Laboratoire d’études sur les monothéismes (UMR 8584, Centre national de la recherche scientifique / École pratique des hautes études / Université Paris IV-Sorbonne), França, entre 2010 i 2011. Anàlisi de la crisi estructural que afectà a l’església gal•la entre el darrer quart del segle IV i el primer del segle VI, crisi causada per la cristianització a gran escala de les elits aristocràtiques gal•loromanes i per la reivindicació per part d’aquest estament de la translació a l’esfera de la jerarquia institucional de l’Església de la seva preeminència econòmica i social. Aquest procés implicà l’aparició d’algunes interpretacions del “fet existencial cristià” que tractaven de legitimar en el plànol teòric la presa del control de les comunitats cristianes per part de la noblesa senatorial. En relació a aquest últim punt, s’ha donat particular rellevància a l’anomenada “controvèrsia semipelagiana” a Provença, amb especial èmfasi en dos punts: a) la relació entre l’oposició a la teologia agustiniana de la gràcia en alguns cercles monàstics provençals –Marsella, Lérins– i l’emergència en aquests ambients d’una literatura autobiogràfica en la que la reflexió sobre els conceptes de uocatio divina i conuersio a l’ascetisme cristià està estretament vinculada a un esforç teòric de redefinició i reorientació de l’ethos aristocràtic; i b) la relació entre els punts teològics debatuts en aquesta controvèrsia i les concepcions eclesiològiques dels pensadors que hi prengueren part –entengui’s aquí per eclesiologia la definició teòrica dels límits i dels fonaments de la “comunitat cristiana”, amb especial incidència en aquest cas en els plantejaments sobre el rol que l’aristòcrata havia d’exercir en aquestes noves comunitats “transversals”–. Aquest projecte bianual ha posat de manifest la inexistència d’una “teologia semipelagiana”, ateses les antagòniques concepcions eclesiològiques dels autors tradicionalment associats a aquesta corrent de pensament: Cassià entén la comunitat cristiana com una elit ascètica en la que els criteris “laics” d’estratificació social queden suspesos, i rebutja –en la teoria i en la pràctica– que aquesta elit hagi d’assumir el lideratge de la comunitat de fidels seglars; en els autors del cercle de Lérins, en canvi, l’oposició a la teologia agustiniana de la gràcia és inspirada per l’esforç d’importar a tota la comunitat cristiana els ideals monàstics, quelcom que fou també una via de legitimació de l’autoritat dels monjos-bisbes d’origen aristocràtic sorgits del cenobi de Lérins.; Report for the scientific sojourn carried out at the Laboratoire d’études sur les monothéismes (UMR 8584, Centre national de la recherche scientifique / École pratique des hautes études / Université Paris IV-Sorbonne), France, from 2010 to 2012. Two-years long analysis of the structural crisis undergone by the Gallic church due to the large-scale Christianization of the Gallo-roman aristocracy between the last quarter of the fourth century and the first quarter of the fifth century. A newly Christianized social elite demanded a governing role in the Christian community on the ground of its social and economic preeminence. This process of Christianization also led to the rise of interpretations of the Christian ethos aimed at underpinning the ascension of these aristocrats to the leadership of Christian communities. Concerning this last point particular attention has been paid to the so-called “Semi-pelagian Controversy” in Provence, focusing on two points: a) the relationship between monastic opposition to Augustine’s theology on grace in some milieus of Southern Gaul –Marseilles, Lérins– and the rise in these milieus of autobiographical literature in which reflections on the Christian concepts of God’s uocatio and human conuersio to asceticism were closely related to an effort of redefinition and reorientation of the aristocratic ethos; and b) the relationship between the theological issues discussed in this controversy and the ecclesiological views hold by those who took part in it. The term “Ecclesiology” designs here the theoretical definition of the borders and foundations of the Christian community, with particular reference to the views on the role that aristocrats should play in these new “transversal communities”. It is stated that there was not such a “Semi-pelagian theology”, since the authors usually linked to this school of thought had opposing views concerning ecclesiology. For Cassian, the Christian community was made up by an ascetic elite in which secular criteria for social stratification were cancelled. On this ground, he discredited any attempt by this elite to seize the leadership of the Church. On the contrary, Lerinian opposition to Augustine’s theology on grace was primarily guided by an aim to expand monastic ideals upon the whole Christian community. This was also a way of establishing the authority of the aristocratic monk-bishops trained in Lérins. Wed, 19 Sep 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212285 2012-09-19T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212229 Biophysical characterization of tubulin tyrosine ligase-like proteins on microtubule dynamics Sunyer i Borrell, Raimon Report for the scientific sojourn carried out at the Cell Biology and Biophysics Unit from the National Institutes of Health, from 2010 to 2012. Sun, 01 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212229 2012-01-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212228 On-farm animal welfare assessment in dairy cattle: improved lameness detection Chapinal Gomez, Nuria Estudi realitzat a partir d’una estada a la University of British Columbia, Canada, entre 2010 i 2012. Primerament es va desenvolupar una escala per mesurar coixeses (amb valors de l’1 al 5). Aquesta escala es va utilitzar per estudiar l’associació entre factors de risc a nivell de granja (disseny de le instal.lacions i maneig) i la prevalencia de coixeses a Nord America. Les dades es van recollir en un total de 40 granges al Nord Est dels E.E.U.U (NE) i 39 a California (CA) . Totes les vaques del group mes productiu es van categoritzar segons la severitat de les coixeses: sanes, coixes i severament coixes. La prevalencia de coixeses en general fou del 55 % a NE i del 31% a CA. La prevalencia de coixeses severes fou del 8% a NE i del 4% a Ca. A NE, les coixeses en general increntaren amb la presencia de serradura als llits i disminuiren en granjes grans, amb major quantitat de llit i acces a pastura. Les coixeses mes severes incrementaren amb la falta d’higiene als llit i amb la presencia de serradura als llits, i disminuiren amb la quantitat de llit proveit, l’us de sorra als llits i amb la mida de la granja. A CA, les coixeses en general incrementaren amb la falta d’higiene al llit, i disminuiren amb la mida de la granja, la presencia de terres de goma, l’increment d’espai als cubicles , l’espai a l’abeuredor i la desinfeccio de les peulles. Les coixeses severes incrementaren amb la falta d’higiene al llit i disminuixen amb la frequencia de neteja del corral. En conclusio, canvis en el maneig i el disseny de les instal.lacions poden ajudar a disminuir la prevalencia de coixeses, tot i que les estrategies a seguir variaran segons la regio.; Report for the scientific sojourn carried out at the University of British Columbia, from 2010 to 2012. The project took place from September the 1st, 2010 to Agust the 31st, 2012. A simplified locomotion scoring system in a 1-to-5 scale was developed for the detection of lameness on farm. This scoring system was used to investigate the association between herd-level management and facility design factors and the prevalence of lameness in high producing dairy cows in freestall herds in North America. Data was collected in 40 farms in the Northeast of US (NE) and 39 in California (CA). All cows in the pen were gait scored and classified as sound, clinically lame and severely lame. In NE, lameness increased on farms using sawdust bedding, and decreased with herd size, use of deep bedding, and access to pasture. Severe lameness increased with the percentage of stalls with fecal contamination and with use of sawdust bedding), and decreased with use of deep bedding, sand bedding, larger herd size, and when rearing replacement heifers on site. In CA, clinical lameness increased with the percentage of stalls containing fecal contamination, and decreased with larger herd size, presence of rubber in the alley to the milking parlor, the neck rail further from the rear curb, more water linear space per cow, and increased frequency of footbaths per wk. Severe lameness increased with the percentage of stalls containing fecal contamination, and decreased with frequency of manure removal in the pen per day. In conclusion, changes in housing and management factors may help decrease the prevalence of lameness on dairy farms, but key risk factors vary across regions. Sat, 01 Sep 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212228 2012-09-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212227 Slope processes in changing permafrost environments: a geomorphological and sedimentological approach Oliva i Franganillo, Marc Estudi realitzat a partir d’una estada al Centro de Estudos Geograficos de la Universidade de Lisboa, Portugal, entre 2011 i 2012. En aquest grup he desenvolupat la meva recerca focalitzada en ambients polars en presència de permafrost, concretament centrada en l’extrem nord-occidental de la Península Antàrtica (Shetland del Sud) i a l’Alt Àrtic (Svalvard). Ambdós àrees han registrat un augment de temperatura molt significatiu les darreres dècades. La meva recerca ha contemplat l’anàlisi de registres sedimentaris (lacustres, eòlics, vessant) i la monitorització de processos geomorfològics actuals a fi efecte d’entendre la dinàmica ambiental present i passada (i.e. clima). Amb aquesta finalitat he realitzat tres campanyes de treball de camp a l’Antàrtida i dues a l’Àrtic. El posterior treball de laboratori i d’oficina està propiciant nombroses publicacions que donen fe dels èxits assolits. A més, cal enfatitzar altres activitats desenvolupades durant la BP-A: coneixement de com organitzar i gestionar una campanya antàrtica, docència universitària, participació en comitès, associacions i tribunals de tesis doctorals, organització i participació en nombroses conferències, treball de camp en noves àrees d’estudi, referee per revistes internacionals, etc. Tanmateix, la concessió del projecte de recerca HOLOANTAR, del qual en sóc l’Investigador Responsable, ha estat l’èxit més important d’aquesta estada. Aquest projecte m’està conferint la capacitat de gestionar i integrar la recerca de 16 investigadors de diferents nacionalitats des d’una perspectiva multidisciplinar. Tothora, cal remarcar que no s’ha assolit un dels èxits que pretenia el meu projecte de BP-A: la transferència del bagatge i coneixement adquirit al sistema de recerca català. Malgrat haver presentat la meva candidatura per un contracte BP-B per tal que aquest background après a l’estranger revertís a Catalunya, el procés de selecció emprat en la convocatòria ho ha impedit i m’obliga a continuar la meva recerca a l’estranger.; Report for the scientific sojourn carried out at the Centro de Estudos Geograficos of the Universidade de Lisboa, Portugal, from 2011 to 2012. Within this team I have conducted my research focused on polar regions where permafrost is widespread, namely in the NW tip of the Antarctic Peninsula (South Shetland Islands) and the High Arctic (Svalbard). A very significant warming has been recorded in both areas over the last decades. My research has focused on the study of sedimentary records (lacustrine, aeolian, slope) and the monitoring of present-day geomorphological processes in order to better understand the present and past environmental dynamics (i.e. climate). With this purpose I have carried out three field work campaigns in the Antarctic and two in the Arctic. Laboratory and office work is still generating several papers that show evidence of my successful research. Furthermore, other activities done during my BP-A should be mentioned: learning how to manage an Antarctic campaign, teaching in university, participation in committees, associations and PhD defenses, organization and participation in several conferences, conducting field work in new study areas, referee for international journals, etc. However, the concession of the HOLOANTAR project, of which I am the Principal Investigator, has been the most important success of my postdoctoral research. The coordination of this project is providing me the capacity of integrating and managing the research activities of 16 researchers from different countries from a multidisciplinary perspective. Nevertheless, I should also remark that I have not achieved one of the main objectives pursued in my BP-A fellowship: the transference of knowledge to the Catalan research system. Despite having submitted a proposal for a BP-B contract with the purpose of transferring back to Catalonia the knowledge learnt in Portugal, the selection process used in this call has not allowed me doing it and I am obliged to follow my research abroad. Sat, 21 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212227 2012-01-21T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212226 Understanding the two-component sensing System of virulent bacteria Alfonso Prieto, Mercedes Report for the scientific sojourn carried out at the l’ Institute for Computational Molecular Science of the Temple University, United States, from 2010 to 2012. Two-component systems (TCS) are used by pathogenic bacteria to sense the environment within a host and activate mechanisms related to virulence and antimicrobial resistance. A prototypical example is the PhoQ/PhoP system, which is the major regulator of virulence in Salmonella. Hence, PhoQ is an attractive target for the design of new antibiotics against foodborne diseases. Inhibition of the PhoQ-mediated bacterial virulence does not result in growth inhibition, presenting less selective pressure for the generation of antibiotic resistance. Moreover, PhoQ is a histidine kinase (HK) and it is absent in animals. Nevertheless, the design of satisfactory HK inhibitors has been proven to be a challenge. To compete with the intracellular ATP concentrations, the affinity of a HK inhibidor must be in the micromolar-nanomolar range, whereas the current lead compounds have at best millimolar affinities. Moreover, the drug selectivity depends on the conformation of a highly variable loop, referred to as the “ATP-lid, which is difficult to study by X-Ray crystallography due to its flexibility. I have investigated the binding of different HK inhibitors to PhoQ. In particular, all-atom molecular dynamics simulations have been combined with enhanced sampling techniques in order to provide structural and dynamic information of the conformation of the ATP-lid. Transient interactions between these drugs and the ATP-lid have been identified and the free energy of the different binding modes has been estimated. The results obtained pinpoint the importance of protein flexibility in the HK-inhibitor binding, and constitute a first step in developing more potent and selective drugs. The computational resources of the hosting institution as well as the experience of the members of the group in drug binding and free energy methods have been crucial to carry out this work.; Estudi realitzat a partir d’una estada al Computational Molecular Science of the Temple University, United States, entre 2010 i 2011. Els bacteris patogènics utilitzen sistemes de dos components (TCS) per tal de analitzar les condicions ambientals dins de l'hoste i activar mecanismes relacionats amb virulència i resistència antimicrobiana. PhoQ/PhoP, el major regulador de la virulència en Salmonella, n'és un exemple prototípic. Per aquesta raó, la proteina PhoQ resulta atractiva com a una diana terapèutica per dissenyar nous antibiòtics pel tractament de malalties gastrointestinals. Inhibint PhoQ s'atenua la virulència bacteriana sense afectar el creixement, i per tant es disminueix la pressió selectiva responsable de la generació de la resistència a antibiòtics. A més, PhoQ és una histidina quinasa (HK) i aquest tipus de quinases no es troben a animals. Malgrat això, encara no s'han pogut trobar inhibidors d'HK prou satisfactoris. Per tal de competir amb les concentracions intracel-lulars d'ATP, l'afinitat de l'inhibidor ha de ser de l'ordre micromolar-nanomolar, mentre que l'afinitat dels compostos actuals és mil-limolar. Un altre problema és que la selectivitat del fàrmac depèn de la conformació d'un bucle, conegut com a “ATP-lid”, que resulta difícil d'estudiar per cristal-lografia de rajos X degut a la seva flexibilitat. Durant el període de la beca Beatriu de Pinós, he investigat la unió de diferents inhibidors a PhoQ. En concret, s'han dut a terme simulacions atomístiques combinades amb tècniques d'acceleració d'esdeviments per tal de proporcionar informació estructural i dinàmica sobre la conformació de l'ATP-lid. A més, s'han identificat interaccions transitòries entre aquests fàrmacs i el bucle i s'ha estimat l'energia lliure dels diferents modes d'unió. Els resultats obtinguts indiquen que la flexibilitat de la proteïna i els efectes del solvent tenen un paper important en la unió HK-inhibidor i constitueixen el primer pas en el desenvolupament de fàrmacs més potents i selectius. Aquest treball no s'hauria pogut dur a terme sense els recursos computacionals de la institució d'acollida i l'experiència dels membres del grup hoste en modelat de unió de fàrmacs i mètodes d'energia lliure. Fri, 27 Apr 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212226 2012-04-27T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212207 Síntesi i propietats de vidres metàl•lics massissos i materials nanocomposites basats en Fe per aplicacions com a materials magnètics tous Torrens Serra, Joan Estudi realitzat a partir d’una estada a l’ Institut für Komplexe Materialien, Leibniz-Institut für Festkörper- und Werkstoffforschung Dresden, entre 2010 i 2011. S'ha explorat l'efecte de les condicions i influència dels elements d'aleació en la capacitat de formació de vidre, l'estructura i les propietats tèrmiques i magnètiques de vidres metàl•lics massissos i materials nanocristal•lins en base Fe. La producció d'aquests materials en forma de cintes de unes 20 micres de gruix ha estat àmpliament estudiada i s'ha vist que presenten unes propietats excel•lents com a materials magnètics tous. El propòsit general d'aquest projecte era l'obtenció de composicions òptimes amb alta capacitat de formar vidre i amb excel•lents propietats magnètiques com a materials magnètics tous combinat amb bones propietats mecàniques. El projecte prenia com a punt de partida l'aliatge [FeCoBSi]96Nb4 ja que és el que presenta millor capacitat de formar vidre i presenta una alta imantació de saturació i baix camp coercitiu. S'ha fet un estudi dels factors fonamentals que intervenen en la formació de l'estat vitri. La composició abans esmentada ha estat variada amb l'addició d'altres elements per estudiar com afecten aquests nous elements a les propietats, la formació de vidre i l'estructura dels aliatges resultants amb l'objectiu de millorar-ne les propietats magnètiques i la capacitat de formació de vidre. Entre altres s'ha usat el Zr, Mo, Y i el Gd per millorar la formació de vidre; i el Co i el Ni per millorar les propietats magnètiques a alta temperatura. S'han estudiat les relacions entre la capacitat de formació de vidre i la seva estabilitat tèrmica, la resistència a la cristal•lització i la estructura de l'aliatge resultant després del procés de solidificació. Per aquest estudi s'han determinat els mecanismes que controlen la transformació i la seva cinètica així com les fases que es formen durant el tractament tèrmic permetent la formulació de models predictius.; Report for the scientific sojourn carried out at the l’ Institut für Komplexe Materialien, Leibniz-Institut für Festkörper- und Werkstoffforschung Dresden, from 2010 to 2012. It has explored the effect of conditions and the influence of alloying elements on the glass forming ability, structure, thermal and magnetic properties of metallic glasses and nanocrystalline Fe-based alloys. The production of these materials in the form of ribbons about 20 microns thick has been widely studied and has shown some excellent properties as soft magnetic materials. The purpose of this project was to obtain optimum compositions with high glass forming ability and excellent magnetic properties as soft magnetic materials combined with good mechanical properties. The project took as its starting point the alloy [FeCoBSi] 96Nb4 which presented very good ability to form glass and has a high saturation magnetization and low coercive field. The above composition was varied with addition of other elements to study how these affect the properties, the glass formation and structure of the resulting alloys with the aim of improving the magnetic properties and ability of glass formation. Among others Zr, Mo, Y and Gd were used to enhance the formation of glass, and the Co and Ni to improve the magnetic properties at high temperature. We have studied the relationship between the glass forming ability and thermal stability, resistance to crystallization and structure of the alloy resulting from the solidification process. For this study we have determined the mechanisms that control the transformation and its kinetics and the phases formed during heat treatment allowing the formulation of predictive models. Tue, 10 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212207 2012-01-10T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212206 Violència, religió i la ciutat: els significats de la política liberal dels anys vint i trenta del segle XIX Roca Vernet, Jordi Estudi realitzat a partir d’una estada a l’Institut Desenvolupat a School of Comparative American Studies adscrit a la University of Warwick, Regne Unit, entre 2011 i 2012. Aquest projecte analitza en primer lloc la mobilització popular del primer liberalisme i la formació de les primeres organitzacions polítiques liberals que es constituïren a partir de les societats secretes i es propagaren a través dels principals centres de sociabilitat liberal: les societats patriòtiques. En segon lloc mitjançant l’estudi de la mobilitat dels liberals entre l’Espanya metropolitana i el virregnat de Nueva Espanya demostra com es dibuixà un nou model polític basat en el federalisme. El tercer aspecte d’anàlisi és com els exiliats catalans a Anglaterra reberen el suport de la Foreign Bible Society perquè havia mantingut contactes des dels primers anys vint amb l’alt clergat espanyol. El darrer aspecte de la recerca abasta l’estudi de l’espai urbà en relació amb les pràctiques polítiques dels ciutadans a partir de l’anàlisi de la formació i ampliació de les places de la ciutat de Barcelona durant la primera meitat del segle XIX.; Report for the scientific sojourn carried out at the l’Institut Desenvolupat a School of Comparative American Studies adscrit a la University of Warwick, United Kingdom, from 2011 to 2012.This project analyses first popular mobilization of first liberalism and formation the early liberal political organizations that were constituted from secret societies and propagated through the main centres of sociability liberal patriotic societies. Secondly, by studying the mobility of liberals between metropolitan Spain and the Viceroyalty of New Spain was drawn the circulation of a new political model based on federalism. The third aspect is to analyse how the Catalan exiles in England received the suport of the Foreign Bible Society because it had been in contact since the early twenties to the high clergy Spanish. The last aspect of the research includes the study of urban space in relation to the political practices of citizens from the analysis of the formation and expansion of the squares of the city of Barcelona in the first half of the nineteenth century. Thu, 31 Jan 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212206 2013-01-31T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212200 Genome Biology and Evolution of the Animal Kingdom Paps Montserrat, Jordi Estudi realitzat a partir d’una estada a la Institut J.W. Jenkinson Laboratory for Evolution and Development of the University of Oxford, Regne Unit, entre 2010 i 2012. He estat membre del laboratori del Professor Peter W.H. Holland com a becari post-doctoral Beatriu de Pinós des de setembre de 2010 al setembre de 2012. El nostre projecte de recerca se centra en l'anàlisi genòmic comparatiu del Regne Animal, tot explorant el contingut dels genomes a través de totes les branques de l'arbre dels animals. Totes les referències a les meves publicacions durant aquest post-doc es poden trobar a http://about.me/jordi_paps. Crec que el nombre i la qualitat dels resultats del meu post-doc, un total de 8 publicacions incloent dos articles a la prestigiosa revista Nature, són prova de l'èxit d'aquest post-doc. Prof Peter W. H. Holland (Departament de Zoologia de la Universitat d'Oxford) i jo som coautors de tres articles de genòmica comparativa, resultats directes d'aquest projecte: 1) comparació de families gèniques entre vertebrats invertebrats (Briefings in Functional Genomics), 2) el genoma de l'ostra (publicat a la revista Nature), i 3) els genomes de 6 platihelmints paràsits (acceptat també a Nature). A més, tenim altres 2 treballs en preparació. Un d'ells analitza l'evolució, expressió i funció dels gens Hox al a la tènia Hymenolepis. El perfil fi d'aquests gens clau del desenvolupament esclareix els canvis d'estil de vida dels organismes. A més, durant aquest últim post-doc he participat en diverses col•laboracions, incloent anàlisi de gens d'envelliment a cucs plans, un estudi sobre la filogènia del grup Gastrotricha, una revisió de l'evolució phylum Platyhelminthes, així com un capítol d'un llibre sobre l'evolució dels animals bilaterals. Finalment, gràcies a la beca Beatriu de Pinós, el Prof. Peter W.H. Holland m'ha convidat a formar part del seu equip com un investigador post-doctoral en el seu projecte ERC Advance actual sobre duplicacions genòmiques.; Report for the scientific sojourn carried out at the J.W. Jenkinson Laboratory for Evolution and Development of the University of Oxford, United Kingdom, from 2010 to 2012. Our research project is focused on comparative genomic analysis of the Animal Kingdom, exploring the genetic content throughout all the branches of the tree of the metazoans. All the references to my publications during this post-doc can be found in http://about.me/jordi_paps. I think the number and quality of the outputs of my post-doc, a total of 8 publications including 2 papers in Nature, are prove of the success of this post-doc. Prof. Peter W.H. Holland (Department of Zoology, University of Oxford) and I have co-authored 3 articles on comparative genomics as a direct result of this project: a study in 1) vertebrates versus invertebrates (Briefings in Functional Genomics), 2) the oyster genome (published in Nature), and 3) the genomes of 6 parasitic flatworms (accepted in Nature). Moreover, we have 2 other papers in preparation; one of them analyzes the evolution, expression and function of Hox genes in the tapeworm Hymenolepis microstoma. The fine profiling of these key developmental genes sheds new light in the lifestyle changes of the organisms. In addition, during this last post-doc I have become involved in several collaborations, including analyses of ageing related pathways in flatworms, a study on the phylogeny of the phylum Gastrotricha, a review on the phylum Platyhelminthes evolution, as well as a book chapter on Bilateral animals evolution. Finally, thanks to the Beatriu de Pinós scheme, Prof. Peter W.H. Holland has invited me to join his team as a post-doc researcher in his current ERC Advance project on genome duplication Mon, 16 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212200 2012-01-16T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212199 Nanomotors: new strategies of (bio)sensing based on motion Orozco Holguín, Jahir Nanomotors are nanoscale devices capable of converting energy into movement and forces. Among them, self-propelled nanomotors offer considerable promise for developing new and novel bioanalytical and biosensing strategies based on the direct isolation of target biomolecules or changes in their movement in the presence of target analytes. The mainachievements of this project consists on the development of receptor-functionalized nanomotors that offer direct and rapid target detection, isolation and transport from raw biological samples without preparatory and washing steps. For example, microtube engines functionalized with aptamer, antibody, lectin and enzymes receptors were used for the direct isolation of analytes of biomedical interest, including proteins and whole cells, among others. A target protein was also isolated from a complex sample by using an antigen-functionalized microengine navigating into the reservoirs of a lab-on-a-chip device. The new nanomotorbased target biomarkers detection strategy not only offers highly sensitive, rapid, simple and low cost alternative for the isolation and transport of target molecules, but also represents a new dimension of analytical information based on motion. The recognition events can be easily visualized by optical microscope (without any sophisticated analytical instrument) to reveal the target presence and concentration. The use of artificial nanomachines has shown not only to be useful for (bio)recognition and (bio)transport but also for detection of environmental contamination and remediation. In this context, micromotors modified with superhydrophobic layer demonstrated that effectively interacted, captured, transported and removed oil droplets from oil contaminated samples. Finally, a unique micromotor-based strategy for water-quality testing, that mimics live-fish water-quality testing, based on changes in the propulsion behavior of artificial biocatalytic microswimmers in the presence of aquatic pollutants was also developed. The attractive features of the new micromachine-based target isolation and signal transduction protocols developed in this project offer numerous potential applications in biomedical diagnostics, environmental monitoring, and forensic analysis. Tue, 27 Nov 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212199 2012-11-27T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212158 Exploring unfrequent events with accelerated molecular dynamics simulations: from photochemistry to drug design Ortiz Sánchez, Juan Manuel La meva incorporació al grup de recerca del Prof. McCammon (University of California San Diego) en qualitat d’investigador post doctoral amb una beca Beatriu de Pinós, va tenir lloc el passat 1 de desembre de 2010; on vaig dur a terme les meves tasques de recerca fins al darrer 1 d’abril de 2012. El Prof. McCammon és un referent mundial en l’aplicació de simulacions de dinàmica molecular (MD) en sistemes biològics d’interès humà. La contribució més important del Prof. McCammon en la simulació de sistemes biològics és el desenvolupament del mètode de dinàmiques moleculars accelerades (AMD). Les simulacions MD convencionals, les quals estan limitades a l’escala de temps del nanosegon (~10-9s), no son adients per l’estudi de sistemes biològics rellevants a escales de temps mes llargues (μs, ms...). AMD permet explorar fenòmens moleculars poc freqüents però que son clau per l’enteniment de molts sistemes biològics; fenòmens que no podrien ser observats d’un altre manera. Durant la meva estada a la “University of California San Diego”, vaig treballar en diferent aplicacions de les simulacions AMD, incloent fotoquímica i disseny de fàrmacs per ordinador. Concretament, primer vaig desenvolupar amb èxit una combinació dels mètodes AMD i simulacions Car-Parrinello per millorar l’exploració de camins de desactivació (interseccions còniques) en reaccions químiques fotoactivades. En segon lloc, vaig aplicar tècniques estadístiques (Replica Exchange) amb AMD en la descripció d’interaccions proteïna-lligand. Finalment, vaig dur a terme un estudi de disseny de fàrmacs per ordinador en la proteïna-G Rho (involucrada en el desenvolupament de càncer humà) combinant anàlisis estructurals i simulacions AMD. Els projectes en els quals he participat han estat publicats (o estan encara en procés de revisió) en diferents revistes científiques, i han estat presentats en diferents congressos internacionals. La memòria inclosa a continuació conté més detalls de cada projecte esmentat.; I joined Prof. McCammon’s group at University of California San Diego as a post doctoral researcher with a Beatriu de Pinós fellowship last December 1st 2010, where I conducted my research until April 1st 2012. Prof. McCammon’s group is a wordwide referent in the field of applied molecular dynamics (MD) simulations in biological systems of human Health relevance. The most important contribution of Prof. McCammon to the simulation of biological systems is the development of the Accelerated Molecular Dynamics (AMD) method. Conventional MD simulations, which are limited to the nanosecond (~10-9s) time scale, are usually not suited to study relevant biological phenomena at larger time-scales (μs, ms...). AMD allows the sampling of unfrequent or rare events that are key for the understanding of the system under study, but that could not be observed otherwise. During my post doctoral stay at University of California San Diego, I have worked on several applications of the AMD methods, ranging from photochemistry to computer aided drug design. Concretely, I first developed a successful approach combining AMD and Carr-Parinello dynamics to enhance the search of deactivation paths (conical intersections) in photoactivated chemical reactions. Secondly, I applied the statistical techniques Replica Exchange with AMD in the accurate description of protein-ligand interactions. Finally, I performed a structure-based drug design study on the G-protein Rho (involed in human cancer growth) combining structural analysis and AMD simulations. The projects I have been involed on have been succesfully published (or are still in process of peer revision) in different scientific journals, and have been presented as poster or invited lectures in several scientific congresses. Please reffer to the full report for more details on each major project. Wed, 15 Aug 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212158 2012-08-15T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212157 Els apareguts i el culte de les ànimes del Purgatori (segles XIV-XVII). Estudi i edició de textos catalans Mahiques Climent, Joan Report for the scientific sojourn carried out at the Institut National d'Histoire de l'Art (INHA), France, from 2010 to 2012. It has focused on the analysis and editing of tales of human apparitions from the other world belonging to the Catalan culture or referring to it. We have studied and edited different versions of the process of Esperança Alegre (Lleida, 1500) and the Peregrinació del Venturós Pelegrí. These medieval works have been preserved in sources of the late sixteenth century or later. We have located a manuscript of the Esperança Alegre's tale, unknown to us at the beginning of this research (Biblioteca Nacional de España, ms. 1701), which differs from the version of ms. Baluze 238 of the Bibliothèque Nationale de France. The scribe of the ms. 1701 adds several paragraphs where considers the case as a diabolical phantasmagoria. About the Venturós Pelegrí, we have tried to establish firm criteria for the classification of many editions from the seventeenth to nineteenth centuries. We have been looking for printed books in the libràries of the world and we have made several requests for photographic reproductions, in order to classify undated editions by comparing woodcuts and other decorative elements. In the legend of Prince Charles of Viana (1421-1461), the appearances of his ghost are accompanied by rumors of his poisoning and of his sanctity. In addition, we have studied the cycles of masses for the souls in Purgatory linked to the hagiographies of St. Amadour and St. Vincent Ferrer, as well as the appearances described in L'Ànima d’Oliver of Francesc Moner, in the Carmelite chronicles of Father John of St. Joseph (1642-1718) and in some folktales collected from the eighteenth to the twentieth century. All this have allowed us to verify the evolution of certain cultural paradigms since the Middle Ages to the present.; Estudi realitzat a partir d’una estada a la Institut National d'Histoire de l'Art (INHA), França,, entre 2010 i 2012. El treball s'ha centrat en l'anàlisi i edició de textos sobre aparicions de difunts que s'emmarquen de ple en la cultura catalana o remeten a ella. Hem estudiat i editat diferents versions del Procés d'Esperança Alegre (Lleida, 1500) i de la Peregrinació del Venturós Pelegrí. Aquestes obres medievals s'han conservat en fonts del final del segle XVI o posteriors. Del Procés hem localitzat un testimoni desconegut per nosaltres en el moment d'iniciar aquesta recerca (ms. 1701 de la Biblioteca Nacional de España), que divergeix notablement en relació a la versió del ms. Baluze 238 de la Bibliothèque Nationale de France. L'amanuense del ms. 1701 afegeix diversos paràgrafs personals on considera el cas d'Esperança Alegre com una diabòlica fantasmagoria. A propòsit del Venturós Pelegrí, hem intentat establir unes bases sòlides per a la classificació bibliogràfica de les nombroses edicions impreses entre els segles XVII-XIX. Hem procedit a la localització d'exemplars en biblioteques d'arreu del món, tot aplegant un arxiu de reproduccions fotogràfiques i classificant algunes de les edicions no datades en funció dels gravats i orles. Un altre cas ben rellevant és la llegenda del príncep Carles de Viana (1421-1461), on les aparicions van acompanyades dels rumors d'emmetzinament i la fama de la seva santedat. De més a més, hem estudiat els cicles de misses per les ànimes del Purgatori associats a sant Amador i a sant Vicent Ferrer, així com algunes aparicions descrites a L'ànima d'Oliver de Francesc Moner, a les cròniques carmelitanes de fra Joan de sant Josep (1642-1718) i a la narrativa folklòrica aplegada entre els segles XVIII-XX. Aquests darrers testimonis ens han permès resseguir un fil conductor que ve marcat per la pervivència i l'evolució d'uns determinats paradigmes culturals, des de l'edat mitjana fins a l'actualitat.; Proyecto de investigación realizado en l’Institut National d'Histoire de l'Art (INHA), Francia, entre 2010 i 2012. El Proyecto se ha centrado en el análisis y edición de textos sobre apariciones de difuntos que se enmarcan de lleno en la cultura catalana o remiten a ella. Hemos estudiado y editado diferentes versiones del proceso de Esperança Alegre (Lleida, 1500) y de la Peregrinació del Venturós Pelegrí. Estas obras medievales se han conservado en fuentes del final del siglo XVI o posteriores. Del relato de Esperança Alegre hemos localizado un testimonio por nosotros desconocido en el momento de iniciar esta investigación (ms. 1701 de la Biblioteca Nacional de España), que diverge notablemente en relación a la versión del ms. Baluze 238 de la Bibliothèque Nationale de France. El amanuense del ms. 1701 añade diversos párrafos de cosecha propia donde considera el caso como una diabólica fantasmagoría. A propósito del Venturós Pelegrí, hemos intentado establecer unas bases sólidas para la clasificación bibliográfica de numerosas Ediciones impresas entre los siglos XVII-XIX. Hemos procedido a la localización de ejemplares en bibliotecas de todo el mundo, solicitando de reproducción fotográfica de muchas de ellas con el fin de clasificar las ediciones sin fecha a partir de la comparación de grabados y orlas. En la leyenda de Carlos de Viana (1421-1461), las apariciones van acompañadas de los rumores de su envenenamiento y de su fama de santidad. Además, hemos estudiado lo ciclos de misas por las ánimas del Purgatorio asociados a san Amador y a san Vicente Ferrer, así como algunas apariciones descritas en L'ànima d'Oliver de Francesc Moner, en las crónicas carmelitanas de fray Juan de san José (1642-1718) y en la narrativa folclórica reunida entre los siglos XVIII-XX. Estos últimos testimonios nos han permitido constatar la pervivencia y evolución de algunos paradigmas culturales, desde la Edad Media hasta la actualidad Thu, 28 Jun 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212157 2012-06-28T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212069 Emotional attention as a modulatory system of perception Domínguez Borràs, Judith Report for the scientific sojourn carried out at the University Medical Center, Swiss, from 2010 to 2012. Abundant evidence suggests that negative emotional stimuli are prioritized in the perceptual systems, eliciting enhanced neural responses in early sensory regions as compared with neutral information. This facilitated detection is generally paralleled by larger neural responses in early sensory areas, relative to the processing of neutral information. In this sense, the amygdala and other limbic regions, such as the orbitofrontal cortex, may play a critical role by sending modulatory projections onto the sensory cortices via direct or indirect feedback.The present project aimed at investigating two important issues regarding these mechanisms of emotional attention, by means of functional magnetic resonance imaging. In Study I, we examined the modulatory effects of visual emotion signals on the processing of task-irrelevant visual, auditory, and somatosensory input, that is, the intramodal and crossmodal effects of emotional attention. We observed that brain responses to auditory and tactile stimulation were enhanced during the processing of visual emotional stimuli, as compared to neutral, in bilateral primary auditory and somatosensory cortices, respectively. However, brain responses to visual task-irrelevant stimulation were diminished in left primary and secondary visual cortices in the same conditions. The results also suggested the existence of a multimodal network associated with emotional attention, presumably involving mediofrontal, temporal and orbitofrontal regions Finally, Study II examined the different brain responses along the low-level visual pathways and limbic regions, as a function of the number of retinal spikes during visual emotional processing. The experiment used stimuli resulting from an algorithm that simulates how the visual system perceives a visual input after a given number of retinal spikes. The results validated the visual model in human subjects and suggested differential emotional responses in the amygdala and visual regions as a function of spike-levels. A list of publications resulting from work in the host laboratory is included in the report. Wed, 31 Oct 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212069 2012-10-31T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212068 Emotional attention as a modulatory system of perception Domínguez Borràs, Judith Report for the scientific sojourn carried out at the University Medical Center, Swiss, from 2010 to 2012. Abundant evidence suggests that negative emotional stimuli are prioritized in the perceptual systems, eliciting enhanced neural responses in early sensory regions as compared with neutral information. This facilitated detection is generally paralleled by larger neural responses in early sensory areas, relative to the processing of neutral information. In this sense, the amygdala and other limbic regions, such as the orbitofrontal cortex, may play a critical role by sending modulatory projections onto the sensory cortices via direct or indirect feedback.The present project aimed at investigating two important issues regarding these mechanisms of emotional attention, by means of functional magnetic resonance imaging. In Study I, we examined the modulatory effects of visual emotion signals on the processing of task-irrelevant visual, auditory, and somatosensory input, that is, the intramodal and crossmodal effects of emotional attention. We observed that brain responses to auditory and tactile stimulation were enhanced during the processing of visual emotional stimuli, as compared to neutral, in bilateral primary auditory and somatosensory cortices, respectively. However, brain responses to visual task-irrelevant stimulation were diminished in left primary and secondary visual cortices in the same conditions. The results also suggested the existence of a multimodal network associated with emotional attention, presumably involving mediofrontal, temporal and orbitofrontal regions Finally, Study II examined the different brain responses along the low-level visual pathways and limbic regions, as a function of the number of retinal spikes during visual emotional processing. The experiment used stimuli resulting from an algorithm that simulates how the visual system perceives a visual input after a given number of retinal spikes. The results validated the visual model in human subjects and suggested differential emotional responses in the amygdala and visual regions as a function of spike-levels. A list of publications resulting from work in the host laboratory is included in the report. Wed, 31 Oct 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212068 2012-10-31T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212065 La titulatura faraònica dels emperadors romans: un cas particular de la imitatio Alexandri Bosch Puche, Francisco Estudi realitzat a partir d’una estada a la University of Oxford, Gran Bretanya, entre 2010 i 2012. Durant l’estada postdoctoral a la University of Oxford s’han efectuat dos estudis relacionats amb l’onomàstica dels faraons d’Egipte i que constitueixen una continuació de l’anàlisi de la titulatura d’Alexandre el Gran realitzada prèviament per l’investigador en la seva recerca doctoral. El primer estudi examina la titulatura faraònica dels emperadors romans en comparació amb la d’Alexandre i, en especial, la significació ideològica i política dels paral•lelismes onomàstics existents entre elles, els quals han estat analitzats en el marc de la imitatio-aemulatio-comparatio Alexandri. Per al cas d’August, s’ha arribat a la conclusió que l’adopció de determinats apel•latius egipcis utilitzats anteriorment per Alexandre pot ser interpretada com un exemple local o estrictament egipci d’imitatio Alexandri, mentre que, en relació amb la resta d’emperadors, atès que les seves titulatures faraòniques es basen o imiten la del primer emperador, aquestes represes han de ser vistes més aviat com un exemple d’imitatio (o comparatio) Augusti. El segon estudi versa sobre la titulatura faraònica egípcia i la tradició annalística. A partir d’una anàlisi comparativa dels protocols onomàstics dels fundadores de cadascuna de les dinasties, s’ha intentat determinar si determinats noms o epítets s’empren de forma recurrent i d’una manera deliberada per tal de senyalar canvis dinàstics, és a dir, noves realitats polítiques. En concret, s’ha pretès establir fins a quin punt determinats recursos onomàstics tenen el seu reflex en la divisió en dinasties de Manetó i, alhora, determinar en quina mesura l’estudi de l’onomàstica faraònica pot contribuir al coneixement de com els egipcis conceptualitzaren i organitzaren el seu propi passat.; Report for the scientific sojourn carried out at the University of Oxford, United Kingdom, from 2010 to 2012. During my postdoctoral stay at the University of Oxford I have carried out two studies on the Royal names of the Egyptian pharaohs, which constitute a continuation of the analysis of the titulary of Alexander the Great, previously dealt with in my doctoral thesis. The first study examines the Egyptian royal titularies of the Roman emperors compared to that of Alexander, dwelling on the ideological and political significance of the onomastic parallels that exist between them. These similarities have been analysed within the framework of the imitatio-aemulatiocomparatio Alexandri. In the case of Augustus, I conclude that the adoption of a number of Egyptian appellatives formerly used by Alexander may be interpreted as a local or specifically Egyptian exemple of the imitatio Alexandri. On the other hand, as regards the rest of the emperors, these borrowings must rather be viewed as an example of imitatio (o comparatio) Augusti, since their titularies are based on or imitate that of the first emperor. The second study deals with the conceptions of the past and their intertwining with royal onomastics. Through a comparative analysis of the titularies of the founders of all dynasties, I aimed to determine whether specific names or epithets are used as a recurrent and deliberate mechanism for marking dynastic changes, namely the starting of new political cycles. Specifically, I intended to clarify to what extent certain onomastic resources may have a correlate in Manetho’s division into dynasties and, at the same time, how far the study of royal onomastics can shed light on Egyptian conceptualisations and orderings of history. Mon, 01 Oct 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212065 2012-10-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212064 Proteostasis of aging and stem cells Vilchez Guerrero, David Estudi realitzat a partir d’una estada a la the Salk Institute, Estats Units, entre 2010 i 2012. L'estabilitat del genoma és essencial per a la supervivència de les cèl • lules mare, però, l'estabilitat del proteoma pot tenir un paper igualment important en la identitat de cèl • lules mare i la seva funció. La nostra hipòtesi és que les cèl • lules mare tenen la capacitat de proteostasis augmentada en comparació amb els seus homòlegs diferenciats i ens varem preguntar si l'activitat del proteasoma és diferent a les cèl • lules mare embrionàries humanes (hESCs). En particular, els nostres resultats mostren que les poblacions de cèl• lules mare presenten una activitat del proteasoma que es correlaciona amb majors nivells de la subunitat 19S del proteasoma PSMD11/RPN-6 i un corresponent augment del ensamblatge del 26S/30S proteasoma. L'expressió ectòpica de PSMD11 és suficient per augmentar l'activitat del proteasoma. Sorprenentment, varem trobar que la llarga vida del GLP-1 C. elegans mutant té també un augment dramàtic en l'activitat del proteasoma associat a nivells augmentats en l'expressió de RPN-6. El factor de transcripció DAF-16 és essencial per l'augment de la longevitat de GLP-1 i els cucs mutants que trobem DAF-16 necessari per a l'augment d'expressió de RPN-6 i, per tant, per l'activació de l'activitat del proteasoma en GLP-1 mutant animals. Una possibilitat interessant és que els gens que regulen la vida i la resistència a l'estrès en C. elegans poden també regular la funció hESCs de mamífer, cèl • lules que son considerades immortals. Aquests resultats ens van portar a la conclusió de que FOXO4, un factor de transcripció sensible a la insulina/IGF-1, regula l'activitat del proteasoma en hESCs, el que suggereix un paper per FOXO4 en la funció d’aquestes cèl • lules. En efecte, FOXO4 es necessari per a la diferenciació en llinatges neuronals de les hESCs. Els nostres resultats estableixen una nova regulació de laproteostasis en hESCs que uneix la longevitat i la resistència a l'estrès en invertebrats amb la funció i identitat de les hESCs.; Report for the scientific sojourn carried out at the Salk Institute, United States, from 2010 to 2012. Genome stability is central for survival of stem cells; however, proteome stability may play an equally important role in stem cell identity and function. We hypothesized that stem cells have an increased proteostasis ability compared to their differentiated counterparts and asked whether the proteasome activity differed among human embryonic stem cells (hESCs). Notably, hESC populations exhibit a proteasome activity that is correlated with increased levels of the 19S proteasome subunit PSMD11/RPN-6 and a corresponding increased assembly of the 26S/30S proteasome. Ectopic expression of PSMD11 is sufficient to increase proteasome activity. Strikingly, we found that the long-lived glp-1 C. elegans mutant also has a dramàtic increase in proteasome activity associated to increased levels in the expression of rpn-6. DAF- 16 transcription factor is essential for the increased longevity of glp-1 mutant worms and we found DAF-16 necessary for the increased expression of rpn-6 and, therefore, for triggering the proteasome activity in glp-1 mutant animals. An intriguing possibility is that genes that regulate lifespan and stress resistance in C. elegans may also regulate mammalian hESCs function, cells which are considered to not age. These results led us to the finding that FOXO4, an insulin/IGF- 1 responsive transcription factor, regulates proteasome activity in hESCs, suggesting a role for FOXO4 in hESC function. Indeed, FOXO4 was necessary for hESCs differentiation into neuronal lineages. Our results establish a novel regulation of proteostasis in hESCs that links longevity and stress resistance in invertebrates with hESCs function and identity. The project was developed during 2 years. Mon, 14 Jan 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/212064 2013-01-14T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211983 The histone deactylase SIRT6 is a novel tumor suppressor that regulates cancer metabolism. Sebastián Muñoz, Carlos Report for the scientific sojourn carried out at the University of Aarhus, Denmark, from 2010 to 2012. Reprogramming of cellular metabolism is a key process during tumorigenesis. This metabolic adaptation is required in order to sustain the energetic and anabolic demands of highly proliferative cancer cells. Despite known for decades (Warburg effect), the precise molecular mechanisms regulating this switch remained unexplored. We have identify SIRT6 as a novel tumor suppressor that regulates aerobic glycolysis in cancer cells. Importantly, loss of this sirtuin in non-transformed cells leads to tumor formation without activation of known oncogenes, indicating that SIRT6 functions as a first-hit tumor suppressor. Furthermore, transformed SIRT6-deficient cells display increased glycolysis and tumor growth in vivo, suggesting that SIRT6 plays a role in both establishment and maintenance of cancer. We provide data demonstrating that the glycolytic switch towards aerobic glycolysis is the main driving force for tumorigenesis in SIRT6-deficient cells, since inhibition of glycolysis in these cells abrogates their tumorigenic potential. By using a conditional SIRT6-targeted allele, we show that deletion of SIRT6 in vivo increases the number, size and aggressiveness of tumors, thereby confirming a role of SIRT6 as a tumor suppressor in vivo. In addition, we describe a new role for SIRT6 as a regulator of ribosome biogenesis by co-repressing MYC transcriptional activity. Therefore, by repressing glycolysis and ribosomal gene expression, SIRT6 inhibits tumor establishment and progression. Further validating these data, SIRT6 is selectively downregulated in several human cancers, and expression levels of SIRT6 predict both prognosis and tumor-free survival rates, highlighting SIRT6 as a critical modulator of cancer metabolism. Our results provide a potential Achilles’ hill to tackle cancer metabolism.; Estudi realitzat a partir d’una estada a la University of Aarhus, Dinamarca, entre 2010 i 2012. Una de las característiques principals de les cèl.lules canceroses és la seva reprogramació metabòlica. Aquesta adaptació és essencial per a la síntesi de macromolècules i l’obtenció de l’energia necessària per tal de sostenir la seva elevada tasa de proliferació. Encara que coneguda des de fa temps, els mecanismes moleculars implicats en aquesta reprogramació no es coneixen en profunditat. Durant aquests dos anys de gaudiment de la beca, he descobert que SIRT6 és un suppressor de tumors que inhibeix un dels processos claus en aquesta programació metabòlica, la glicòlisi aeròbica. L’absència de SIRT6 no només està implicada en la iniciació tumoral sino també en el creixement dels tumors. La inhibició de la glicòlisi en aquestes cèl.lules mitjançant la inhibició de l’expressió de PDK1 suprimeix completament la capacitat tumorigènica de les cèl.lules deficients en SIRT6. Aquest resultat demostra que l’augment de la activitat glicolítica en aquestes cèl.lules és el responsable que siguin tumorals. Per tal de confirmar que SIRT6 és també un supressor de tumors in vivo, hem generat un ratolí KO condicional de SIRT6 y hem estudiat l’impacte de l’absència d’aquesta proteïna al càncer de còlon. Els resultats obtinguts indiquen que aquells ratolins KO per SIRT6 desenvolupen més tumors, més grans y més agressius que els ratolins controls. A més de regular la glicòlisi aèrobica, hem trobat que SIRT6 co-reprimeix l’activitat transcripcional de MYC i, d’aquesta manera, inhibeix l’expressió de gens implicats en la síntesi de ribosomes, els quals són essencials per la ràpida proliferació de les cèl.lules canceroses. Per tant, SIRT6 actuaria com a supressor de tumors inhibint la glicòlisi aeròbica i la síntesi de ribosomes, regulant així la iniciació y el creixement dels tumors. A més, hem trobat que l’expressió de SIRT6 en tumors Sun, 01 Jan 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211983 2012-01-01T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211940 Experimental and computational study on the synthesis and characterization of self-assembling meso/macroporous materials in highly concentrated emulsions Patti, Alessandro Report for the scientific sojourn carried out at Massachusetts General Hospital Cancer Center-Harvard Medical School, Estats Units, from 2010 to 2011. The project aims to study the aggregation behavior of amphiphilic molecules in the continuous phase of highly concentrated emulsions, which can be used as templates for the synthesis of meso/macroporous materials. At this stage of the project, we have investigated the self-assembly of diblock and triblock surfactants under the effect of a confined geometry being surrounded by the droplets of the dispersed phase. These droplets limit the growth of the aggregates, deeply modify their orientation and hence alter their spatial arrangement as compared to the self-assembly taking place far enough from any boundary surface, that is in the bulk. By performing Monte Carlo simulations, we have showed that the interface between the dispersed and continuous phases as well as its shape has a significant impact on the structural order of the resulting aggregates and hence on the potential applications of highly concentrated emulsions as reaction media, drug delivery systems, or templates for meso/macroporous materials. Due to the combined effect of symmetry breaking and morphological frustration, very intriguing structures, such as square columnar liquid crystals, twisted X-shaped aggregates, and helical phases of cylindrical aggregates, never observed in the bulk for the same model surfactant, have been found. The presence of other more conventional structures, such as micelles and cubic and hexagonal liquid crystals, formed at low and high amphiphilic concentrations, respectively, further enhance the interest on this already rich aggregation behavior. Wed, 27 Jun 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211940 2012-06-27T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211939 Multifunctional ligands for application in Alzheimer’s Disease: molecular modelling and biological evaluation Rodríguez Rodríguez, Cristina; University of British Columbia Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la University of British Columbia, Canadà, entre 2010 i 2012 La malaltia d'Alzheimer (MA) representa avui la forma més comuna de demència en la població envellida. Malgrat fa 100 anys que va ser descoberta, encara avui no existeix cap tractament preventiu i/o curatiu ni cap agent de diagnòstic que permeti valorar quantitativament l'evolució d'aquesta malaltia. L'objectiu en el que s'emmarca aquest treball és contribuir a aportar solucions al problema de la manca d'agents terapèutics i de diagnosi, unívocs i rigorosos, per a la MA. Des del camp de la química bioinorgànica és fàcil fixar-se en l'excessiva concentració d'ions Zn(II) i Cu(II) en els cervells de malalts de MA, plantejar-se la seva utilització com a dianes terapèutica i, en conseqüència, cercar agents quelants que evitin la formació de plaques senils o contribueixin a la seva dissolució. Si bé aquest va ser el punt de partida d’aquest projecte, els múltiples factors implicats en la patogènesi de la MA fan que el clàssic paradigma d’ ¨una molècula, una diana¨ limiti la capacitat de la molècula de combatre aquesta malaltia tan complexa. Per tant, un esforç considerable s’ha dedicat al disseny d’agentsmultifuncionals que combatin els múltiples factors que caracteritzen el desenvolupament de la MA. En el present treball s’han dissenyat agents multifuncionals inspirats en dos esquelets moleculars ben establers i coneguts en el camp de la química medicinal: la tioflavina-T (ThT) i la deferiprona (DFP). La utilització de tècniques in silico que inclouen càlculs farmacocinètics i modelatge molecular ha estat un procés cabdal per a l’avaluació dels millors candidats en base als següents requeriments: (a) compliment de determinades propietats farmacocinètiques que estableixin el seu possible ús com a fàrmac (b) hidrofobicitat adequada per travessar la BBB i (c) interacció amb el pèptid Aen solució.; Report for the scientific sojourn carried out at the University of British Columbia, Canadà, from 2010 to 2012. Nowadays, Alzheimer's disease (AD) is one of the most common neurodegenerative diseases causing progressive dementia amongst an aging population. At the beginning of 2012, over a century after its discovery, the lack of an effective treatment and early diagnosis makes AD an urgent research and public health priority. Currently available drug therapies alleviate symptoms; they do not alter the progression of the disorder. The principal goal of our research is the development of small molecules with dual function as diagnostic and therapeutic agents for Alzheimer's disease (AD). The apparently critical role played by metal imbalance makes chelation therapy an attractive and challenging strategy to alleviate the development and progression of neurological disorders. Due to the multiple factors closely involved in the pathogenesis of these diseases, the classic drug discovery paradigm of “one molecule, one target” is limited in its ability to combat such complex diseases. Therefore, significant effort has been devoted to designing multifunctional metal-chelators aiming at multiple targets that must be addressed in these neurodegenerative diseases. Our plan has afforded a rational design and subsequent synthesis of molecules able to cross the blood-brain barrier (BBB) and bind to amyloid plaques with high affinity. The molecular structures of these multifunctional agents are inspired by thioflavin-T (ThT) or deferiprone (DFP). It is anticipated that the application of the proposed multifunctional ligands will assess amyloid Acontent in vivo and assist in mediating the development of therapeutic strategies to halt or reverse AD. The use of in silico techniques including chemoinformatics and molecular modeling has been critical to assess the best candidates based on the following requirements: (a) adequate hydrophobicity to cross the Blood-Brain Barrier (BBB), (b) compliance with certain pharmacokinetic properties to establish its possible use as a drug, and (c) interaction with the Apeptide in solution. Fri, 25 May 2012 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211939 2012-05-25T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211938 Sox genes in C. elegans: sox-2 role in postembryonic development Vidal Iglesias, Berta Report for the scientific sojourn carried out at the Columbia University, United States, from 2010 to 2012. Expression of SoxB genes correlates with the commitment of cells to a neural fate; however, the relevance of SoxB proteins in early vertebrate neurogenesis has been difficult to prove genetically due to embryonic lethality and presumed redundant functions. The nematode C. Elegants has only 5 sox genes: sox-2 and sox-3 form the SoxB group while sem-2, sox-4 and egl-13 belong to other Sox groups. Our results show that sox-2 and sem-2 are the sox genes expressed earliest and in a broader manner during embryogenesis, being expressed in several neuronal progenitors. sox-3, sox-4 and egl-13 are expressed in few cells during late embryogenesis, when most neurons are already born. Both sox-2 and sem-2 null mutants are early larval lethal but do not show neuronal specification defects during embryonic development as indicated by quantification of a panneuronal reporter. Potential redundancy or compensatory mechanisms between different sox genes have been ruled out, strongly suggesting that sox genes are not required for specification of embryonically-derived neurons. However, at the first larval stage there are still several blast cells that will give rise to different postembryonic lineages, which generate several neurons amongst other cell types. nterestingly, sox-2 is expressed in many of these progenitor cells. Using mosaic analysis we have so far identified neurons derived from two different postembryonic lineages which fail to be generated in C. elegans sox-2 mutants. These results support the idea that postembryonic progenitor competence is compromised in the absence of sox-2. Fri, 25 Jan 2013 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211938 2013-01-25T00:00:00Z http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211937 Effect of Dexamethasone on cytolkine secretion in CD4+T cells in steroid refractori uveitis Molins Monteys, Blanca Projecte de recerca elaborat a partir d’una estada a la facultat de Medical Sciences de la Universitat de Bristol, Alemanya, entre 2011 i 2012. Aquest treball s'ha realitzat a la facultat de Medical Sciences de la Universitat de Bristol, al laboratori del Prof. Andrew Di cks,o ta la seva supe1visi6. Ei treball s'ha realitzat amb els seus col.laboradors, el Dr Richard Lee i Lauren Schew:tz. Objectiu: Els glucocorticoids (GCs) tenen diversos efectes sobre les cèl.lules T CD4+ per modular la resposta immune principalment mitjançant els seus efectes anti-proliferatius. Tot i això la dexametasona (Dex, glucocorticoid sintètic) també indueix la secreció de la citocina immunosupressora IL-10 . L'objectiu d'aquest treball ha estat comparar la capacitat dels glucocorticoids en modular la producció de citocines en cèl.lules T CD4+ en pacients uveítics sensibles (SS), i resistents (SR) a esteroids. Metodologia: Es van aïllar cèl• lules T CD4+ de pacients uveítics SS i SR. Es va induir la producció de cèl.lules T regulatories (Tregs) i mitjançant I'estimulació amb anti- CD3/CD28 en presència d'lL-2 i Després del cultiu es van analitzar els nivells d’expressió intracel•lular de les citocines IL-10, IL-4, IL-9, IL-17 i IFN-y per citometria de flux. D'altra banda, també es van separar cèl.lules T CD4t de pacients uveïtis segons I'expressió de CCR6 i es van polaritzar per obtenir els fenotips ThO i Th17 per estudiar I'efecte de Dex i ciclosporina (CsA) en aquests subtipus cel.lulars. Resultats: Les cèl.lules T CD4+ de pacients SR no van ser capaces de produir IL-10 en resposta al tractament amb Dex. Dex no va afectar els nivells d'expressió d'11-17, però va reduir els nivells de IL-4 i IFN-V. Els nivells d'lL-9 (marcador d'un subtipus cel.lular recentment descrit, Th9) v ise r sempre inferiors a 11%. En canvi, el traclament a amb CsA va reduir significativament els nivells d'lL-17 i IFN-y en cèl.lules Th17 i ThO. Conclusions: La Dex no és capaç d'induir cèl.lules Treg funcionalment supresores en pacients veiticsS R. Aquest fenòmen és Independent dels efectes en I'expressió d'altres citocines. Aquests resultats suggereixen que I'efecte de la Dex sobre la funció de cél.lules Treg és clau en el desenvolupament del fenotip SR en la uveïtis . D'altra banda, al llarg d'aquest temps he iniciat un nou projecte que ha donat lloc a un futur projecte de col elaboració. Resumidament, degut a que els nivells elevats de proteïna C-reactiva (CRP) són un factor de risc en la degeneració macular, malaltia inflamatòria crònica principal causa de ceguera en països industrialitzats, I'objectiu d'aquest altre treball ha estat iniciar un projecte per avaluar els efectes de les diferents isoformes de la CRP sobre la resposta inflamatòria d’epiteli pigmentari retinià. Fri, 10 Jun 2011 00:00:00 GMT http://www.recercat.cat:80/handle/2072/211937 2011-06-10T00:00:00Z