La actividad minera conlleva riesgos ambientales que son el motivo de preocupación de algunos sectores de la población que se ven directamente afectados por ésta. La región de Cajamarca, en Perú, es un ejemplo de zona que vive en conflicto por la actividad minera, al estar polarizada la opinión entre la población. En este contexto, surge la necesidad de realizar un estudio de evaluación de la calidad de agua y sedimentos en la cuenca con actividad minera del Jequetepeque. Se pretende diseñar y ejecutar la primera campaña de monitoreo como prueba piloto. Así mismo, este proyecto pretende constituir una herramienta que sirva para el diseño y la ejecución de otros estudios similares, por lo que todos los pasos del diseño se generalizan antes de concretar el caso concerniente a este estudio. Por esta razón, se han estudiado diferentes guías para el diseño de monitoreos y se presentan recomendaciones que van desde la metodología a seguir para establecer los objetivos, los límites y los requisitos del estudio, hasta los protocolos de actuación en campo y medidas a tomar para el control y la garantía de la calidad de los resultados. A partir de las recomendaciones generales, se ha diseñado el monitoreo específico para la cuenca del Jequetepeque y se ha validado mediante el trabajo de campo. Los parámetros de mayor interés que se deciden analizar son los metales totales en el agua y la especiación de metales en los sedimentos. Por ello, toda la metodología y protocolos de campo deben responder a las necesidades que requieren este tipo de estudios. También se ha diseñado, fabricado y utilizado un muestreador de sedimentos del tipo core de fácil manejo, con el cuál resulta posible recoger muestras de sedimento evitando las pérdidas de finos, que son objeto de estudio debido a su mayor probabilidad de contener metales contaminantes. Finalmente y tras la ejecución de la primera campaña de monitoreo, se evalúa el diseño de éste y se concluye con recomendaciones a seguir en las siguientes campañas de análisis de agua y sedimentos que prosiguen a este estudio.