Las causas de la discapacidad intelectual pueden ser: factores genéticos, en el caso del síndrome de Down o trisomía del cromosoma 21; enfermedades metabólicas: problemas de la degradación o eliminación de algunas sustancias químicas del cuerpo. Por ejemplo, la fenilcetonuria (FCU) es una enfermedad metabólica que origina lesión cerebral y discapacidad intelectual ;alteraciones del desarrollo embrionario, en las que se incluyen las lesiones prenatales; problemas perinatales, relacionados con el momento del parto: parálisis cerebral; enfermedades infantiles, que pueden ir desde una infección grave a un traumatismo; graves déficits ambientales, en los que no existen condiciones adecuadas para el desarrollo cognitivo, personal y social.