Objetivos: Identificar la flora bacteriana y su susceptibilidad a varios antibióticos utilizados en infecciones odontogénicas de localización periapical y en las pericoronaritis del tercer molar inferior, para poder adaptar convenientemente el tratamiento antibiótico a las exigencias de tales infecciones, y evitar así los efectos secundarios y los sobretratamientos con antibióticos. Material y métodos: Se han seleccionado con unos criterios de inclusión y de exclusión a 64 pacientes que presentaban una infección odontogénica. Se recogieron muestras de las lesiones en condiciones de máxima asepsia, evitando la contaminación por flora saprófita bucal. Las muestras se sembraron en medios de cultivo apropiados y se incubaron en condiciones aeróbicas y anaeróbicas; finalmente se procedió a la identificación de los microorganismos aislados y a la determinación de su susceptibilidad antibiótica, los resultados se analizaron estadísticamente mediante la prueba t-Student (para muestras aparejadas y para una muestra). Resultados: Se aislaron un total de 184 cepas bacterianas, incluyendo cocos Gram positivo anaerobios facultativos (68%), bacilos Gram negativo anaerobios estrictos (30%), y bacilos Gram positivo anaerobios facultativos (2%). Independientemente del origen de la infección odontogénica los antibióticos que obtuvieron los mejores resultados en cuanto a mayor sensibilidad y menor resistencia estadísticamente significativos fueron respectivamente la amoxicilina/clavulánico y la amoxicilina (p<0,05). Discusión: Cada vez hay más estudios que indican el alto índice de resistencias a antibióticos en poblaciones bacterianas patógenas que producen infecciones en territorios no bucodentales. A pesar de ello, los niveles de resistencia a los antibióticos en las infecciones odontogénicas no han seguido la misma tendencia, aunque se ha detectado para ciertos antibióticos un alto índice de resistencia. En nuestro trabajo hemos encontrado que los antibióticos de uso común que han obtenido mayor sensibilidad y menor resistencia han sido la amoxicilina en combinación con ácido clavulánico seguido de la amoxicilina.