Se estudiaron las variaciones en los potenciales de producción de biogás de dos tipos de residuos matadero (avícola y de cerdo) después de la aplicación de dos pretratamientos térmicos. Ambos residuos se caracterizaban por poseer diferentes concentraciones de grasas, proteínas y carbohidratos. Los pretratamientos seleccionados (pasteurización, 70ºC/60 minutos, y esterilización, 133ºC/3 bares/20 minutos) están incluidos en los reglamentos europeos 1774/2002 y 92/2005, aplicados a la gestión de subproductos animales. Estos pretratamientos mostraron un importante efecto sobre el aumento de la materia orgánica soluble frente a la total pero también se observaron diferentes efectos sobre la biodisponibilidad del sustrato tratado. El rendimiento de metano, relativo a los sólidos volátiles iniciales, no se incrementó significativamente cuando la concentración de carbohidratos fue elevada (incremento del 2,6%), en el caso del material avícola, tipo I, mientras que con el residuo de cerdo, tipo II, caracterizado por su baja concentración de carbohidratos, se incrementó en un 52,7% y 66,1% después de la pasteurización y esterilización, respectivamente, alcanzando valores máximos de 955,3 l CH4.kgSV -1. Mientras que la tasa de producción de metano aumenta un 68,3 % y un 163,5% con el tipo II después de pasteurización y esterilización respectivamente, disminuye para el residuo tipo I. Compuestos poco biodegradables producidos por las reacciones de Maillard, durante el pretratamiento térmico, podrían explicar la baja biodisponibilidad observada para residuos con elevada concentración de carbohidratos.