En el área de la bioinformática podemos encontrar aplicaciones que suponen un reto para el diseño de nuevas arquitecturas de procesadores en términos de rendimiento, ya que sus características difieren de las de las aplicaciones de propósito general. Por ello proponemos una nueva arquitectura con unidades funcionales reconfigurables para un dominio específico de aplicaciones. Así, el primer paso para definir la nueva arquitectura será la creación de la nueva ISA del procesador, que se compondrá de extensiones de la ISA original. Para conseguir dicho objetivo, presentamos una metodología para identificar automáticamente patrones de instrucciones y generar prototipos de las unidades funcionales que las ejecutan. Hemos implementado la metodología de manera experimental con el soporte de la infraestructura Trimaran para la identificación de extensiones de la ISA, la herramienta DWARV para la generación de código VHDL, y la plataforma MOLEN para la evaluación de los prototipos hardware específicos generados automáticamente. En las evaluaciones iniciales de los prototipos generados para una aplicación de estudio, ClustalW, se ha obtenido hasta un 8.54x de speed-up para un único acelerador, mientras que el speed-up de toda la aplicación está por encima de 2x.