|
Notas:
|
Curs 2008-2009
Com a continuació del treball de final de carrera “Desenvolupament d’un laboratori virtual
per a les pràctiques de Biologia Molecular” de Jordi Romero, s’ha realitzat una eina
complementaria per a la visualització de molècules integrada en el propi laboratori virtual.
Es tracta d’una eina per a la visualització gràfica de gens, ORF, marques i seqüències de
restricció de molècules reals o fictícies. El fet de poder treballar amb molècules fictícies és la gran
avantatge respecte a les solucions com GENBANK que només permet treballar amb molècules
pròpies. Treballar amb molècules fictícies fa que sigui una solució ideal per a l’ensenyament, ja que
dóna la possibilitat als professors de realitzar exercicis o demostracions amb molècules reals o
dissenyades expressament per a l’exercici a demostrar.
A més, permet mostrar de forma visual les diferents parts simultàniament o per separat, de
manera que ofereix una primera aproximació interpretació dels resultats. Per altra banda, permet
marcar gens, crear marques, localitzar seqüències de restricció i generar els ORF de la molècula
que nosaltres creem o modificar una ja existent.
Per l’implementació, s’ha continuat amb l’idea de separar la part de codi i la part de disseny
en les aplicacions Flash. Per fer-ho, s’ha utilitzat la plataforma de codi lliure Ariware ARPv2.02 que
proposa un marc de desenvolupament d’aplicacions Flash orientades a objectes amb el codi
(classes ActionScript 2.0) separats del movieclip. Per al processament de dades s’ha fet servir Perl
per ser altament utilitzat en Bioinformàtica i per velocitat de càlcul. Les dades generades es
guarden en una Base de Dades en MYSQL (de lliure distribució), de la que s’extreuen les dades
per generar fitxers XML, fent servir tant PHP com la plataforma AMFPHP com a enllaç entre Flash i
la resta de parts.
Continuing with the Degree essay “Developing a virtual laboratory for the Molecular Biology
practises” by Jordi Romero, a complementary tool has been made in order to visualise the
integrated molecules at the virtual laboratory.
This tool graphically visualises genes, ORF, restriction marks and sequences in real or
fictitious molecules. Being able to work with fictitious molecules is a great advantage respect to
solutions like GENBANK, which only allows working with molecules within GENBANK itself. Working
with fictitious molecules is the ideal solution in education, as the teachers have the possibility to do
exercises or demonstrations with either real molecules or molecules designed specifically for the
exercise to show.
It allows to visually show different parts, either simultaneously or separately, therefore
offering a first approximation and interpretation of the results. It allows marking genes, creating
marks, localising restriction sequences and either generating the ORF for the molecule created by
us or modifying an existing one.
When doing the implementation, I separated the code part from the design parts within the
Flash applications. In order to do that, I used Ariware ARPv2.02, a free code platform, which
proposes the development of Flash applications oriented to object with the code (classes
ActionScript 2.0), separated from the movie clip. When processing the data I used Perl, as it is
highly used in Biocomputing and fast in calculating. The generated data is saved in a Database in
MYSQL (free distribution), from which data is generated to create XML files, using PHP and
AMFPHP platform as a link between Flash and the rest of the parts.
Director/a: Albert Baucells i Colomer i Agustí Fontarnau Riera |
